| MirGeneDB ID | Ete-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-188-P3 Cfa-Mir-188-P3 Cja-Mir-188-P3 Cpo-Mir-188-P3 Dno-Mir-188-P3 Eca-Mir-188-P3 Hsa-Mir-188-P3 Laf-Mir-188-P3 Mml-Mir-188-P3 Mmr-Mir-188-P3 Ocu-Mir-188-P3 Pab-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980365: 3855815-3855873 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P3) |
Mir-362-P6
JH980365: 3855392-3855450 [-]
UCSC
Mir-188-P3 JH980365: 3855815-3855873 [-] UCSC Mir-362-P4 JH980365: 3859828-3859886 [-] UCSC |
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| Seed | ACCCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUGUGCAGAAUGAAUUGCUCCUUCUCCCAUACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGUGAUUUCUCAAAACACCUCCUAUGUGCAUGGAUUACAGGAGGGUGAGCCUUGUCUUCAUGAACCUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUGUGCAGAAUGAAUU-- C CAUAC-| U C U GAUUU GCUC UUCUCC CCAU GCAUAU GGAG UGU \ CGAG GGGAGG GGUA CGUGUA CCUC ACA C CUUCCAAGUACUUCUGUUC U ACAUUA^ - U C AAACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-188-P3_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-188-P3_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACCUCCUAUGUGCAUGGAUUACA -59
Get sequence
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