| MirGeneDB ID | Dno-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dno-Mir-188-P1 Dno-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-188-P3 Cfa-Mir-188-P3 Cja-Mir-188-P3 Cpo-Mir-188-P3 Eca-Mir-188-P3 Ete-Mir-188-P3 Hsa-Mir-188-P3 Laf-Mir-188-P3 Mml-Mir-188-P3 Mmr-Mir-188-P3 Ocu-Mir-188-P3 Pab-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH569306: 1554037-1554096 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P3) |
Mir-188-P1
JH569306: 1544821-1544879 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 JH569306: 1545145-1545204 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 JH569306: 1548488-1548549 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 JH569306: 1548489-1548548 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 JH569306: 1549504-1549562 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b JH569306: 1550649-1550711 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 JH569306: 1554037-1554096 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 JH569306: 1556109-1556168 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACCCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGCAGAAGAAUGAACUGCUCCUCCUCCCAUACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGUGAUUUCUCAAAAACACCUCCUGUGUGCAUGGAUUACAGGAGGGUGAGCCUUGCCUUCAUGAGCCUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGCAGAAGAAUGAACU-- C CAUAC-| U C U GAUUU GCUC UCCUCC CCAU GCAUAU GGAG UGU C CGAG GGGAGG GGUA CGUGUG CCUC ACA U CUUCCGAGUACUUCCGUUC U ACAUUA^ - U C AAAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dno-Mir-188-P3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Dno-Mir-188-P3_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACCUCCUGUGUGCAUGGAUUACA -60
Get sequence
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