| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-188-P1 Cpo-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-188-P3 Cfa-Mir-188-P3 Cja-Mir-188-P3 Dno-Mir-188-P3 Eca-Mir-188-P3 Ete-Mir-188-P3 Hsa-Mir-188-P3 Laf-Mir-188-P3 Mml-Mir-188-P3 Mmr-Mir-188-P3 Ocu-Mir-188-P3 Pab-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_132: 3012570-3012628 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P3) |
Mir-188-P1
scaffold_132: 3003104-3003162 [+]
UCSC
Mir-188-P2 scaffold_132: 3003465-3003524 [+] UCSC Mir-362-P4 scaffold_132: 3009085-3009144 [+] UCSC Mir-362-P5 scaffold_132: 3009773-3009832 [+] UCSC Mir-362-P3b scaffold_132: 3010278-3010339 [+] UCSC Mir-188-P3 scaffold_132: 3012570-3012628 [+] UCSC Mir-362-P6 scaffold_132: 3014248-3014306 [+] UCSC |
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| Seed | ACCCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGCAGAAGAGUAAACUGCUCCUUUUCCCAUACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGUGAAUUCUUAAAAUAUCUCCUGUAUGCAUGGAUUAUAGGAGGAUGAGCUUUGUCAUCAUGAACCUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGCAGAAGAGUAAACU-- C C C-| U C U GAAUU GCUC UUUUCC AUA CCAU GCAUAU GGAG UGU \ CGAG AGGAGG UAU GGUA CGUAUG CCUC AUA C CUUCCAAGUACUACUGUUU U A UA^ - U U AAAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-188-P3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047365 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-188-P3_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUCUCCUGUAUGCAUGGAUUAUA -59
Get sequence
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