| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmr-mir-660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmr-Mir-188-P1 Mmr-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-188-P3 Cfa-Mir-188-P3 Cja-Mir-188-P3 Cpo-Mir-188-P3 Dno-Mir-188-P3 Eca-Mir-188-P3 Ete-Mir-188-P3 Hsa-Mir-188-P3 Laf-Mir-188-P3 Mml-Mir-188-P3 Ocu-Mir-188-P3 Pab-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007693.1: 138621731-138621789 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P3) |
Mir-188-P1
CM007693.1: 138605615-138605673 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 CM007693.1: 138605984-138606043 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 CM007693.1: 138618071-138618132 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 CM007693.1: 138618071-138618132 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 CM007693.1: 138618608-138618666 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 CM007693.1: 138619388-138619446 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v2 CM007693.1: 138619927-138619987 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v1 CM007693.1: 138619927-138619987 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 CM007693.1: 138621731-138621789 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 CM007693.1: 138623099-138623157 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACCCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGCAGAAGAACCAAUUGCUCCUUCUCCCAUACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGUGAAUUCUCAAAACACCUCCUGUGUGCAUGGAUUACAGGAGGGUGAGCCUGGUCAUCGAGAAGCUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGCAGAAGAACCAAUU-- C CAUAC-| U C U GAAUU GCUC UUCUCC CCAU GCAUAU GGAG UGU \ CGAG GGGAGG GGUA CGUGUG CCUC ACA C CUUCGAAGAGCUACUGGUC U ACAUUA^ - U C AAACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmr-Mir-188-P3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0049181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Mmr-Mir-188-P3_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACCUCCUGUGUGCAUGGAUUACA -59
Get sequence
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