| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-188-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmr-mir-532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmr-Mir-188-P2 Mmr-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-188-P1 Cfa-Mir-188-P1 Cja-Mir-188-P1 Cpo-Mir-188-P1 Dno-Mir-188-P1 Eca-Mir-188-P1 Hsa-Mir-188-P1 Laf-Mir-188-P1 Mml-Mir-188-P1 Mmu-Mir-188-P1 Ocu-Mir-188-P1 Pab-Mir-188-P1 Rno-Mir-188-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007693.1: 138605615-138605673 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P1) |
Mir-188-P1
CM007693.1: 138605615-138605673 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 CM007693.1: 138605984-138606043 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 CM007693.1: 138618071-138618132 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 CM007693.1: 138618071-138618132 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 CM007693.1: 138618608-138618666 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 CM007693.1: 138619388-138619446 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v2 CM007693.1: 138619927-138619987 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v1 CM007693.1: 138619927-138619987 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 CM007693.1: 138621731-138621789 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 CM007693.1: 138623099-138623157 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGAACCUCCGGACUUGCUUUCUCUCUUCCAUGCCUUGAGUGUAGGACCGUUGGCAUCUUAAUUACCCUCCCACACCCAAGGCUUGCAGGAGAGUGAGUCUUCUCUUCCCUCUCCAGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGAACCUCCGGACUU--| U C U A A CC UGGCAU GCUU CUCUCUU CA GCCUUG GUGU GGA GU \ UGAG GAGAGGA GU CGGAAC CACA CCU CA C UGACCUCUCCCUUCUCUUC^ U C U C C CC UUAAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmr-Mir-188-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0049158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUGCCUUGAGUGUAGGACCGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmr-Mir-188-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUCCCACACCCAAGGCUUGCA -59
Get sequence
|
