| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-362-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmr-mir-502b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmr-Mir-362-P3a-v1 Mmr-Mir-362-P3b-v1 Mmr-Mir-362-P4 Mmr-Mir-362-P5 Mmr-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-362-P3a-v1 Cfa-Mir-362-P3a-v1 Cja-Mir-362-P3a-v1 Dno-Mir-362-P3a-v1 Eca-Mir-362-P3a-v1 Hsa-Mir-362-P3a-v1 Mml-Mir-362-P3a-v1 Ocu-Mir-362-P3a Pab-Mir-362-P3a-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007693.1: 138618071-138618132 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P3a-v2) |
Mir-188-P1
CM007693.1: 138605615-138605673 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 CM007693.1: 138605984-138606043 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 CM007693.1: 138618071-138618132 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 CM007693.1: 138618071-138618132 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 CM007693.1: 138618608-138618666 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 CM007693.1: 138619388-138619446 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v2 CM007693.1: 138619927-138619987 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v1 CM007693.1: 138619927-138619987 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 CM007693.1: 138621731-138621789 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 CM007693.1: 138623099-138623157 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mmr-Mir-362-P3a-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCACCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACAGGGCCUCCUGCUCUGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAAAGUGCUGUCUGAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGAGAGUGUGAGCUUCAUCUUCAUGUAGGACAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CACAGGGCCUCCUGCUCU-- CCC U-| UAC UG AAA- GCUGU GCUC CUCUC AAUCCUUGC C GGUG GU \ CGAG GAGAG UUAGGAACG G CCAC CG C AACAGGAUGUACUUCUACUU UGU UC^ --- GU GUAA UAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmr-Mir-362-P3a-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCCUUGCUACCUGGGUGAAAGU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmr-Mir-362-P3a-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0049183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGA -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mmr-Mir-362-P3a-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACAGGGCCUCCUGCUCUGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAAAGUGCUGUCUGAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGAGAGUGUGAGCUUCAUCUUCAUGUAGGACAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CACAGGGCCUCCUGCUCU-- CCC U-| UAC UG AAAG CUGUC GCUC CUCUC AAUCCUUGC C GGUG UG \ CGAG GAGAG UUAGGAACG G CCAC AC U AACAGGAUGUACUUCUACUU UGU UC^ --- GU GUA- GUAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmr-Mir-362-P3a-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCCUUGCUACCUGGGUGAAAGUG -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmr-Mir-362-P3a-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0049183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGA -62
Get sequence
|
