| MirGeneDB ID | Cja-Mir-362-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-362-P4 Cja-Mir-362-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-362-P3a-v1 Cfa-Mir-362-P3a-v1 Dno-Mir-362-P3a-v1 Eca-Mir-362-P3a-v1 Hsa-Mir-362-P3a-v1 Mml-Mir-362-P3a-v1 Mmr-Mir-362-P3a-v1 Ocu-Mir-362-P3a Pab-Mir-362-P3a-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 48749996-48750057 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P3a-v1) |
Mir-188-P1
CM021937.1: 48744712-48744770 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 CM021937.1: 48745060-48745119 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 CM021937.1: 48749996-48750057 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 CM021937.1: 48749996-48750057 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 CM021937.1: 48750538-48750596 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 CM021937.1: 48751289-48751347 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 CM021937.1: 48754892-48754950 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cja-Mir-362-P3a-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCAGGGCUUUGUGCUCUGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUGCUGUCUGAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGAGAGCGAGAGCUUCAUCUUCGUGUAGGAUGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCAGGGCUUUGUGCUCU-- CCC U-| UAC UG AGAG CUGUC GCUC CUCUC AAUCCUUGC C GGUG UG \ CGAG GAGAG UUAGGAACG G CCAC AC U GGUAGGAUGUGCUUCUACUU AGC UC^ --- GU GUA- GUAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cja-Mir-362-P3a-v1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUG -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cja-Mir-362-P3a-v1_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGA -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cja-Mir-362-P3a-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCACCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCAGGGCUUUGUGCUCUGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUGCUGUCUGAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGAGAGCGAGAGCUUCAUCUUCGUGUAGGAUGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCAGGGCUUUGUGCUCU-- CCC U-| UAC UG AGA- GCUGU GCUC CUCUC AAUCCUUGC C GGUG GU \ CGAG GAGAG UUAGGAACG G CCAC CG C GGUAGGAUGUGCUUCUACUU AGC UC^ --- GU GUAA UAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cja-Mir-362-P3a-v2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cja-Mir-362-P3a-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUGCACCUGGGCAAGGAUUCUGA -62
Get sequence
|
