| MirGeneDB ID | Dno-Mir-362-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-500a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dno-Mir-362-P3a-v1 Dno-Mir-362-P3b Dno-Mir-362-P4 Dno-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-362-P3a-v1 Cfa-Mir-362-P3a-v1 Cja-Mir-362-P3a-v1 Eca-Mir-362-P3a-v1 Hsa-Mir-362-P3a-v1 Mml-Mir-362-P3a-v1 Mmr-Mir-362-P3a-v1 Ocu-Mir-362-P3a Pab-Mir-362-P3a-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH569306: 1548489-1548548 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P3a-v2) |
Mir-188-P1
JH569306: 1544821-1544879 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 JH569306: 1545145-1545204 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 JH569306: 1548488-1548549 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 JH569306: 1548489-1548548 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 JH569306: 1549504-1549562 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b JH569306: 1550649-1550711 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 JH569306: 1554037-1554096 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 JH569306: 1556109-1556168 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dno-Mir-362-P3a-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUGGGCCUUCUGCUGUGCUCCCUCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUGCUGUCUGAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCGGAGAGCGAGAGUUUCAUCUUCACAUAGGACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGUGGGCCUUCUGCUGU-- CCU -| UAC UG AGA- GCUGU GCUC CUCUCU AAUCCUUGC C GGUG GU \ UGAG GAGAGG UUAGGAACG G CCAC CG C ACAGGAUACACUUCUACUU AGC C^ --- GU GUAA UAAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dno-Mir-362-P3a-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dno-Mir-362-P3a-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAUGCACCUGGGCAAGGAUUCGG -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dno-Mir-362-P3a-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCACCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGUGGGCCUUCUGCUGUGCUCCCUCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUGCUGUCUGAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCGGAGAGCGAGAGUUUCAUCUUCACAUAGGACAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGUGGGCCUUCUGCUGU-- CCU -| UAC UG AGAGUGCUGU GCUC CUCUCU AAUCCUUGC C GGUG C UGAG GAGAGG UUAGGAACG G CCAC U GACAGGAUACACUUCUACUU AGC C^ --- GU GUAACGUAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dno-Mir-362-P3a-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dno-Mir-362-P3a-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUGCACCUGGGCAAGGAUUCGGA -62
Get sequence
|
