| MirGeneDB ID | Aca-Let-7-P2b4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Let-7-P1b Aca-Let-7-P1c Aca-Let-7-P1d Aca-Let-7-P2a1 Aca-Let-7-P2a2 Aca-Let-7-P2a3 Aca-Let-7-P2a4 Aca-Let-7-P2b1 Aca-Let-7-P2b2 Aca-Let-7-P2b3 Aca-Let-7-P2c1 Aca-Let-7-P2c2 Aca-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aga-Let-7 Agr-Let-7 Ami-Let-7-P2b4 Bge-Let-7 Bko-Let-7 Bpl-Let-7 Cli-Let-7-P2b4 Cmi-Let-7-P2b4 Cpi-Let-7-P2b4 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dlo-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b4a Dre-Let-7-P2b4b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Eba-Let-7 Egr-Let-7 Esc-Let-7 Gga-Let-7-P2b4 Gja-Let-7-P2b4 Gmo-Let-7-P2b4a Gmo-Let-7-P2b4b Gpa-Let-7 Gsa-Let-7 Gsp-Let-7 Hme-Let-7 Hmi-Let-7 Hru-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b4 Lgi-Let-7 Lhy-Let-7 Llo-Let-7 Loc-Let-7-P2b4 Mal-Let-7-P2b4a Mal-Let-7-P2b4b Mgi-Let-7 Mom-Let-7 Mun-Let-7-P2b4 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b4 Obi-Let-7 Ofu-Let-7 Ovu-Let-7 Pau-Let-7 Pbv-Let-7-P2b4 Pca-Let-7 Pcr-Let-7 Pdu-Let-7 Pfl-Let-7 Ple-Let-7 Pmi-Let-7 Pve-Let-7 Rph-Let-7 Sko-Let-7 Sma-Let-7 Sne-Let-7 Snu-Let-7 Spt-Let-7-P2b4 Spu-Let-7 Sro-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b4 Tni-Let-7-P2b4a Tni-Let-7-P2b4b Tur-Let-7 War-Let-7 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
4: 123683315-123683391 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b4) |
Let-7-P2b4
4: 123683315-123683391 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2a4 4: 123683614-123683684 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUGAAGCCUCUAUCUUGCUUUGUGGAGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUGUGGGAGGGAUUACAUCCCAUUUCAGGUGAUAACUAUACAGUCUAUUGCCUUCCUUAAGGAGCAACAAAUCUGGCUUAGGAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAUGAAGCCUCUAUCU---| GUG U GU UGUGGGAGGGAUUAC UGCUUU GAGG GAGGUAGUAG UGUAUAGUU A ACGAGG UUCC UUCCGUUAUC ACAUAUCAA U ACGAGGAUUCGGUCUAAACA^ AA- - UG UAGUGGACUUUACCC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Although all Let-7-P13s have a templated "T" all other vertebrate Let-7-P4 through P14s are Group 2 miRNAs and where studied all 3' terminal "U"s are post-transcriptionally added to the transcript and thus P13 is also considered a Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Let-7-P2b4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Let-7-P2b4_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
56- CUAUACAGUCUAUUGCCUUCC -77
Get sequence
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