MirGeneDB ID | Gga-Let-7-P2b4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-let-7j | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Let-7-P1c Gga-Let-7-P1d Gga-Let-7-P2a1 Gga-Let-7-P2a2 Gga-Let-7-P2a4 Gga-Let-7-P2b1 Gga-Let-7-P2b2 Gga-Let-7-P2c1 Gga-Let-7-P2c2 Gga-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b4 Ami-Let-7-P2b4 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2b4 Cmi-Let-7-P2b4 Cpi-Let-7-P2b4 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b4a Dre-Let-7-P2b4b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Gja-Let-7-P2b4 Gmo-Let-7-P2b4a Gmo-Let-7-P2b4b Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b4 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b4 Mal-Let-7-P2b4a Mal-Let-7-P2b4b Mun-Let-7-P2b4 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b4 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b4 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b4 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b4 Tni-Let-7-P2b4a Tni-Let-7-P2b4b Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
26: 1650720-1650797 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b4) |
Let-7-P2b4
26: 1650720-1650797 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2a4 26: 1650925-1650995 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACACCAGACCUCUGUACUGCUCUGUGGAGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUGGUGGGAGGGAUUCUGUCCCAUUUCAGGUGAUAACUAUACAGUCUAUUGCCUUCCUUAAAGAGCAGCAAUACCACCGGAGGAGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACACCAGACCUCUGUAC---| GUG U GU UGGUGGGAGGGAUUCU UGCUCU GAGG GAGGUAGUAG UGUAUAGUU \ ACGAGA UUCC UUCCGUUAUC ACAUAUCAA G UAGAGGAGGCCACCAUAACG^ AA- - UG UAGUGGACUUUACCCU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gga-Let-7-P2b4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: gga-let-7j-5p miRDB: MIMAT0001181 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gga-Let-7-P2b4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0026542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
57- CUAUACAGUCUAUUGCCUUCC -78
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: gga-let-7j-3p miRDB: MIMAT0026542 |