MirGeneDB ID | Gga-Let-7-P2b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-let-7b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Let-7-P1c Gga-Let-7-P1d Gga-Let-7-P2a1 Gga-Let-7-P2a2 Gga-Let-7-P2a4 Gga-Let-7-P2b1 Gga-Let-7-P2b4 Gga-Let-7-P2c1 Gga-Let-7-P2c2 Gga-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b2 Ami-Let-7-P2b2 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b2 Cfa-Let-7-P2b2 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2b2 Cmi-Let-7-P2b2 Cpi-Let-7-P2b2 Cpo-Let-7-P2b2 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b2 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b2a Dre-Let-7-P2b2b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b2 Gja-Let-7-P2b2 Gmo-Let-7-P2b2a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b2 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b2 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b2 Mal-Let-7-P2b2a Mal-Let-7-P2b2b Mdo-Let-7-P2b2 Mml-Let-7-P2b2 Mmu-Let-7-P2b2 Mun-Let-7-P2b2 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b2 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b2 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b2 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b2 Sha-Let-7-P2b2 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b2 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2b2 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b2 Tni-Let-7-P2b2a Tni-Let-7-P2b2b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2b2c Xla-Let-7-P2b2d Xtr-Let-7-P2b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
1: 71199661-71199737 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b2) |
Let-7-P2a2
1: 71198830-71198900 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b2 1: 71199661-71199737 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAGAAGAUCCGCCUGAUGCUCUAACAGGAUGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUUUCAGGGUAGUGAUUUUGCCCCAAUCAGGAGAUAACUAUACAACCUACUGCCUUCCCUGAUAGGCAGCGUAACAUCAGUGUCUUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAGAAGAUCCGCCUGA---| U A AU UCAGGGUAGUGAUUU UGC CUA CAGG GAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU U ACG GAU GUCC UUCCGUCAUCCAACAUAUCAA G AAUUCUGUGACUACAAUGCG^ - A C- UAGAGGACUAACCCC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gga-Let-7-P2b2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0001102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-let-7b miRDB: MIMAT0001102 |
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Star sequence | Gga-Let-7-P2b2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
56- CUAUACAACCUACUGCCUUCC -77
Get sequence
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