MirGeneDB ID | Cli-Let-7-P2b4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-let-7a-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Let-7-P1c Cli-Let-7-P1d Cli-Let-7-P2a1 Cli-Let-7-P2a2 Cli-Let-7-P2a4 Cli-Let-7-P2b1 Cli-Let-7-P2b2 Cli-Let-7-P2c1 Cli-Let-7-P2c2 Cli-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b4 Ami-Let-7-P2b4 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cgi-Let-7 Cmi-Let-7-P2b4 Cpi-Let-7-P2b4 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b4a Dre-Let-7-P2b4b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Gga-Let-7-P2b4 Gja-Let-7-P2b4 Gmo-Let-7-P2b4a Gmo-Let-7-P2b4b Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b4 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b4 Mal-Let-7-P2b4a Mal-Let-7-P2b4b Mun-Let-7-P2b4 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b4 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b4 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b4 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b4 Tni-Let-7-P2b4a Tni-Let-7-P2b4b Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold454: 1197815-1197892 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b4) |
Let-7-P2b4
scaffold454: 1197815-1197892 [-]
Let-7-P2a4 scaffold454: 1198025-1198095 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGCGAGACCCCUGUACUGCUCUGUGGAGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUGGUGGGAGGGAUUUGAUCCCAUUUCAGGUGAUAACUAUACAGUCUAUUGCCUUCCUUAAAGAGCAGCAAACCCACCAGAGGACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGCGAGACCCCUGUAC---| GUG U GU UGGUGGGAGGGAUUUG UGCUCU GAGG GAGGUAGUAG UGUAUAGUU \ ACGAGA UUCC UUCCGUUAUC ACAUAUCAA A GUCAGGAGACCACCCAAACG^ AA- - UG UAGUGGACUUUACCCU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cli-Let-7-P2b4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038374 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Cli-Let-7-P2b4_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038377 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
57- CUAUACAGUCUAUUGCCUUCC -78
Get sequence
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