| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1788 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1788 Ami-Mir-1788 Cli-Mir-1788 Cmi-Mir-1788 Cpi-Mir-1788 Dre-Mir-1788 Ebu-Mir-1788 Gga-Mir-1788 Gja-Mir-1788 Gmo-Mir-1788 Lch-Mir-1788 Loc-Mir-1788 Mal-Mir-1788 Mun-Mir-1788 Pbv-Mir-1788 Pma-Mir-1788 Spt-Mir-1788 Sto-Mir-1788 Tgu-Mir-1788 Tni-Mir-1788 Xla-Mir-1788-P1 Xla-Mir-1788-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr9: 77516409-77516467 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1788) |
Mir-1788
chr9: 77516409-77516467 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-375 chr9: 77564219-77564276 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGGCAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCAGUCCUUUGCUGCCCUCCUGGGUCCUGGGCUUGUUUUAAGUUGCCUGUGAUUGUUGGAUAGAGCACAGGCAGCUAAAGCAAGUCUGGGAAGCUGGAGACAAAUCUGCCCCACAAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCAGUCCUUUGCUGCC--| UGGG UG A AUUGUU CUCC UCC GGCUUGUUUUA GUUGCCUGUG G GAGG AGG CUGAACGAAAU CGACGGACAC G CAAACACCCCGUCUAAACA^ UCGA GU - GAGAUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-1788_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCUUGUUUUAAGUUGCCUGUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-1788_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGGCAGCUAAAGCAAGUCUG -59
Get sequence
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