MirGeneDB ID | Gmo-Mir-1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1788 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1788 Ami-Mir-1788 Cli-Mir-1788 Cmi-Mir-1788 Cpi-Mir-1788 Dre-Mir-1788 Ebu-Mir-1788 Gga-Mir-1788 Gja-Mir-1788 Lch-Mir-1788 Loc-Mir-1788 Mal-Mir-1788 Mun-Mir-1788 Pbv-Mir-1788 Pma-Mir-1788 Spt-Mir-1788 Sto-Mir-1788 Tgu-Mir-1788 Tni-Mir-1788 Xla-Mir-1788-P1 Xla-Mir-1788-P2 Xtr-Mir-1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1550: 212983-213039 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGCAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAUCAUGUCGAUACAAUCUAGCUUUCGAGGCUUGUUUUAAGUUGCCUGCGACUGUAUUUGAACACAGGCAGCUAAAGCAAGUCUGGUAUGCCAGAGACACACCUACUUGGAUCUGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGGAUCAUGUCGAUACAA-- A UU-| G A CGACUGU UCU GC UC AGGCUUGUUUUA GUUGCCUG A AGA CG GG UCUGAACGAAAU CGACGGAC U GUCUAGGUUCAUCCACACAG C UAU^ - - ACAAGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gmo-Mir-1788_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0044124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCUUGUUUUAAGUUGCCUGCG -22
Get sequence
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Mature sequence | Gmo-Mir-1788_3p |
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mirBase accession | MIMAT0044125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CAGGCAGCUAAAGCAAGUCUG -57
Get sequence
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