| MirGeneDB ID | Loc-Mir-1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1788 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1788 Ami-Mir-1788 Cli-Mir-1788 Cmi-Mir-1788 Cpi-Mir-1788 Dre-Mir-1788 Ebu-Mir-1788 Gga-Mir-1788 Gja-Mir-1788 Gmo-Mir-1788 Lch-Mir-1788 Mal-Mir-1788 Mun-Mir-1788 Pbv-Mir-1788 Pma-Mir-1788 Spt-Mir-1788 Sto-Mir-1788 Tgu-Mir-1788 Tni-Mir-1788 Xla-Mir-1788-P1 Xla-Mir-1788-P2 Xtr-Mir-1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG12: 11014479-11014536 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1788) |
Mir-1788
LG12: 11014479-11014536 [-]
Ensembl
Mir-375 LG12: 11032768-11032825 [-] Ensembl |
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| Seed | AGGCAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAACGGUAGGAAAAAUCUCUUGUAUUCUGGGCUUGUUUUAAGUUGCCUGCGAUUUGUUUAAAGACUCAGGCAGCUAAAGCAAGUCUGGAAAGCCGGAGGCAACUUCGAUGGAGACCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAACGGUAGGAAAAAU--| U A UG A CGAUUUGU CUCU GU UUC GGCUUGUUUUA GUUGCCUG \ GAGG CG AAG CUGAACGAAAU CGACGGAC U CCCAGAGGUAGCUUCAACG^ C A GU - UCAGAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-1788_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCUUGUUUUAAGUUGCCUGCG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-1788_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGGCAGCUAAAGCAAGUCUG -58
Get sequence
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