| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1788 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1788 Ami-Mir-1788 Cli-Mir-1788 Cmi-Mir-1788 Cpi-Mir-1788 Dre-Mir-1788 Ebu-Mir-1788 Gga-Mir-1788 Gja-Mir-1788 Gmo-Mir-1788 Lch-Mir-1788 Loc-Mir-1788 Mal-Mir-1788 Mun-Mir-1788 Pbv-Mir-1788 Pma-Mir-1788 Spt-Mir-1788 Sto-Mir-1788 Tni-Mir-1788 Xla-Mir-1788-P1 Xla-Mir-1788-P2 Xtr-Mir-1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
7: 10133597-10133655 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1788) |
Mir-1788
7: 10133597-10133655 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-375 7: 10147335-10147392 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGGCAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUCUCCCCACCUCACCCCGCUGUCUCCAGGGCUUGUUUUCCGUUGCCUGAGGUUUGUUUCAGUGACUCAGGCAGCGAAAGCAAGUCUGGGAGGCUGCGGAGCCACUGCUGGGAGAGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUCUCCCCACCUCACC--| U A C GUUUGU CCGC GUCUCC GGGCUUGUUUUC GUUGCCUGAG U GGCG CGGAGG UCUGAACGAAAG CGACGGACUC U UCGAGAGGGUCGUCACCGA^ U G - AGUGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There are reads from this locus but inconsistently offset from all other taxa and often with 5' mismatches. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-1788_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0025407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCUUGUUUUCCGUUGCCUGAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-1788_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGGCAGCGAAAGCAAGUCUG -59
Get sequence
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