MirGeneDB ID | Tni-Mir-26-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-26 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-26-P1a Tni-Mir-26-P2b Tni-Mir-26-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-26-P1 Ami-Mir-26-P1 Bta-Mir-26-P1 Cfa-Mir-26-P1 Cja-Mir-26-P1 Cli-Mir-26-P1 Cmi-Mir-26-P1 Cpi-Mir-26-P1 Cpo-Mir-26-P1 Dno-Mir-26-P1 Dre-Mir-26-P1b Eca-Mir-26-P1 Ete-Mir-26-P1 Gga-Mir-26-P1 Gja-Mir-26-P1 Gmo-Mir-26-P1b Hsa-Mir-26-P1 Laf-Mir-26-P1 Lch-Mir-26-P1 Loc-Mir-26-P1 Mal-Mir-26-P1b Mdo-Mir-26-P1 Mml-Mir-26-P1 Mmr-Mir-26-P1 Mmu-Mir-26-P1 Mun-Mir-26-P1 Neu-Mir-26-P1 Oan-Mir-26-P1 Ocu-Mir-26-P1 Pab-Mir-26-P1 Pbv-Mir-26-P1 Pma-Mir-26-o1 Rno-Mir-26-P1 Sha-Mir-26-P1 Spt-Mir-26-P1 Sto-Mir-26-P1 Tgu-Mir-26-P1 Xtr-Mir-26-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
15: 2348349-2348409 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCAAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCGUCCUGAGAAGAAGGGCCGCGAUCCGGUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUGUGUGUACGCAGGUUGGCCUAUUCGUGAUUACUUGCACUGGAAGGCAGCCGCCAGUCAAGCGCGUUUCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCCGUCCUGAGAAGAAG--| C GA U CA GUGUGUA GGC GC UCCGGU CAAGUAAUC GGAUAGGCU \ CCG CG AGGUCA GUUCAUUAG CUUAUCCGG C CCUUUGCGCGAACUGACCG^ A GA C UG UUGGACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tni-Mir-26-P1b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tni-Mir-26-P1b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CCUAUUCGUGAUUACUUGCACU -61
Get sequence
|