MirGeneDB ID | Tni-Mir-1-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-1-P1 Tni-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P2 Ami-Mir-1-P2 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P2 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P2 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P2 Cpi-Mir-1-P2 Cpo-Mir-1-P2 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P2 Dpu-Mir-1 Dre-Mir-1-P2a Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P2 Gga-Mir-1-P2 Gmo-Mir-1-P2a Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P2 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P2 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P2 Mal-Mir-1-P2a Mdo-Mir-1-P2 Mml-Mir-1-P2 Mmu-Mir-1-P2 Mun-Mir-1-P2 Oan-Mir-1-P2 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P2 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P2 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o2 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P2 Sha-Mir-1-P2 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P2 Spu-Mir-1 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P2 Xbo-Mir-1 Xtr-Mir-1-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
14: 5699806-5699865 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGAGAAUCCUGUUGUUGCCCCUUGUAAGGACAUGCUUCCUUAUAUCCCCAUAUUAAUACACCACUUAUGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGGUUACGAGGAGGACACGAACGCCCAGCCGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUGAGAAUCCUGUUGUUG- -| GG CC UUAAUA CC CCUUGUAA ACAUGCUUCCUUAUAU CCAUA \ GG GGAGCAUU UGUGUGAAGGAAUGUA GGUAU C AAGCCGACCCGCAAGCACA A^ GG A- UCACCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tni-Mir-1-P2a_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAUGCUUCCUUAUAUCCCCAUA -23
Get sequence
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Mature sequence | Tni-Mir-1-P2a_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG -60
Get sequence
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