MirGeneDB ID | Dre-Mir-1-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-206-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-1-P1 Dre-Mir-1-P2b Dre-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P2 Ami-Mir-1-P2 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P2 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P2 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P2 Cpi-Mir-1-P2 Cpo-Mir-1-P2 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P2 Dpu-Mir-1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P2 Gga-Mir-1-P2 Gmo-Mir-1-P2a Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P2 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P2 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P2 Mal-Mir-1-P2a Mdo-Mir-1-P2 Mml-Mir-1-P2 Mmu-Mir-1-P2 Mun-Mir-1-P2 Oan-Mir-1-P2 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P2 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P2 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o2 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P2 Sha-Mir-1-P2 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P2 Spu-Mir-1 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P2 Tni-Mir-1-P2a Xbo-Mir-1 Xtr-Mir-1-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr20: 19544667-19544726 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P2a) |
Mir-133-P2a-v1
chr20: 19543389-19543448 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P2a-v2 chr20: 19543389-19543448 [-] UCSC Ensembl Mir-1-P2a chr20: 19544667-19544726 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAAGGAAACUGAAUGUUGCCUCUUGUGAAGACAUGCUUCCUUAUAUGCCCAUAUUAAUGCUCAAGUUAUGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGGUUUCAGGGGGAAAUUUGUCUACAGUAUCAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAAGGAAACUGAAUGUUG--| U AG GC UUAAUG CCUCUUG GA ACAUGCUUCCUUAUAU CCAUA \ GGGGGAC UU UGUGUGAAGGAAUGUA GGUAU C AACUAUGACAUCUGUUUAAA^ U GG A- UGAACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dre-Mir-1-P2a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0031988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAUGCUUCCUUAUAUGCCCAUA -23
Get sequence
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Mature sequence | Dre-Mir-1-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-206 |