| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-1-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-1-P1 Tgu-Mir-1-P2 Tgu-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P4 Aga-Mir-1 Agr-Mir-1 Ami-Mir-1-P4 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P4 Cmi-Mir-1-P4 Cpi-Mir-1-P4 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dgr-Mir-1 Dlo-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dpu-Mir-1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Eba-Mir-1 Egr-Mir-1 Esc-Mir-1 Gga-Mir-1-P4 Gja-Mir-1-P4c Gja-Mir-1-P4d Gpa-Mir-1 Gsa-Mir-1 Gsp-Mir-1 Hme-Mir-1 Hmi-Mir-1 Hru-Mir-1 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P4 Lgi-Mir-1 Lhy-Mir-1 Llo-Mir-1 Mgi-Mir-1 Mom-Mir-1 Mun-Mir-1-P4 Oan-Mir-1-P4 Obi-Mir-1 Ofu-Mir-1 Ovu-Mir-1 Pau-Mir-1 Pbv-Mir-1-P4 Pca-Mir-1 Pcr-Mir-1 Pdu-Mir-1 Pfl-Mir-1 Ple-Mir-1 Pma-Mir-1-o4 Pmi-Mir-1 Rph-Mir-1 Sko-Mir-1 Sma-Mir-1 Sne-Mir-1 Snu-Mir-1 Spt-Mir-1-P4 Spu-Mir-1 Sro-Mir-1 Sto-Mir-1-P4 Tca-Mir-1 Tur-Mir-1 War-Mir-1 Xbo-Mir-1 Xla-Mir-1-P4a Xla-Mir-1-P4b Xtr-Mir-1-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
23: 1378978-1379040 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P4) |
Mir-1-P4
23: 1378978-1379040 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P4-v1 23: 1379125-1379182 [+] UCSC Ensembl Mir-133-P4-v2 23: 1379125-1379182 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGCGGCACCCGCCUCUCCCUCCCAACCCUACAUACUUCUUCAUAUGCCCAUAUGGAGCCGGCCGGUGCUAUGGAAUGUUAAGAAGUAUGUAUUUUUGGGCUGGGACCCCCACGCCAAGAGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGCGGCACCCGCCUCU- U-| CCC C GC UGGAGCC CCC CCCAA UACAUACUUCUU AUAU CCAUA G GGG GGGUU AUGUAUGAAGAA UGUA GGUAU G CCGAGAACCGCACCCCCA UC^ UUU U A- CGUGGCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-1-P4_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAUACUUCUUCAUAUGCCCAUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-1-P4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UGGAAUGUUAAGAAGUAUGUAU -63
Get sequence
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