| MirGeneDB ID | Gja-Mir-1-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-1-P1 Gja-Mir-1-P2e Gja-Mir-1-P2f Gja-Mir-1-P3 Gja-Mir-1-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P4 Aga-Mir-1 Agr-Mir-1 Ami-Mir-1-P4 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P4 Cmi-Mir-1-P4 Cpi-Mir-1-P4 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dgr-Mir-1 Dlo-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dpu-Mir-1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Eba-Mir-1 Egr-Mir-1 Esc-Mir-1 Gga-Mir-1-P4 Gpa-Mir-1 Gsa-Mir-1 Gsp-Mir-1 Hme-Mir-1 Hmi-Mir-1 Hru-Mir-1 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P4 Lgi-Mir-1 Lhy-Mir-1 Llo-Mir-1 Mgi-Mir-1 Mom-Mir-1 Mun-Mir-1-P4 Oan-Mir-1-P4 Obi-Mir-1 Ofu-Mir-1 Ovu-Mir-1 Pau-Mir-1 Pbv-Mir-1-P4 Pca-Mir-1 Pcr-Mir-1 Pdu-Mir-1 Pfl-Mir-1 Ple-Mir-1 Pma-Mir-1-o4 Pmi-Mir-1 Rph-Mir-1 Sko-Mir-1 Sma-Mir-1 Sne-Mir-1 Snu-Mir-1 Spt-Mir-1-P4 Spu-Mir-1 Sro-Mir-1 Sto-Mir-1-P4 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P4 Tur-Mir-1 War-Mir-1 Xbo-Mir-1 Xtr-Mir-1-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | G. japonicus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015167551.1: 363813-363875 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P4d) |
Mir-133-P4-v1
NW_015167551.1: 363613-363670 [-]
Mir-133-P4-v2 NW_015167551.1: 363613-363670 [-] Mir-1-P4d NW_015167551.1: 363813-363875 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCUUUCUUCCCUCCCUCCCUCCCGAGCAUACAUACUUCUUUAUAUACCCAUAUGGAGUCGGUUGGCGUUAUGGAAUGUUAAGAAGUAUGUAUCAUUGGGUUGGGAUCUUUGCCUAGAAUGGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCUUUCUUCCCUCCCU- U-| GC U AC UGGAGUC CCC CCCGA AUACAUACUUCUU AUAU CCAUA G GGG GGGUU UAUGUAUGAAGAA UGUA GGUAU G UGGUAAGAUCCGUUUCUA UU^ AC U A- UGCGGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gja-Mir-1-P4d_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAUACUUCUUUAUAUACCCAUA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gja-Mir-1-P4d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UGGAAUGUUAAGAAGUAUGUAU -63
Get sequence
|
