| MirGeneDB ID | Sto-Mir-1-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-1-P1 Sto-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P4 Aga-Mir-1 Agr-Mir-1 Ami-Mir-1-P4 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P4 Cmi-Mir-1-P4 Cpi-Mir-1-P4 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dgr-Mir-1 Dlo-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dpu-Mir-1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Eba-Mir-1 Egr-Mir-1 Esc-Mir-1 Gga-Mir-1-P4 Gja-Mir-1-P4c Gja-Mir-1-P4d Gpa-Mir-1 Gsa-Mir-1 Gsp-Mir-1 Hme-Mir-1 Hmi-Mir-1 Hru-Mir-1 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P4 Lgi-Mir-1 Lhy-Mir-1 Llo-Mir-1 Mgi-Mir-1 Mom-Mir-1 Mun-Mir-1-P4 Oan-Mir-1-P4 Obi-Mir-1 Ofu-Mir-1 Ovu-Mir-1 Pau-Mir-1 Pbv-Mir-1-P4 Pca-Mir-1 Pcr-Mir-1 Pdu-Mir-1 Pfl-Mir-1 Ple-Mir-1 Pma-Mir-1-o4 Pmi-Mir-1 Rph-Mir-1 Sko-Mir-1 Sma-Mir-1 Sne-Mir-1 Snu-Mir-1 Spt-Mir-1-P4 Spu-Mir-1 Sro-Mir-1 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P4 Tur-Mir-1 War-Mir-1 Xbo-Mir-1 Xla-Mir-1-P4a Xla-Mir-1-P4b Xtr-Mir-1-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01009687.1: 86600-86658 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P4) |
Mir-133-P4-v1
BFAA01009687.1: 43025-43082 [-]
Mir-133-P4-v2 BFAA01009687.1: 43025-43082 [-] Mir-1-P4 BFAA01009687.1: 86600-86658 [-] |
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| Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAACCUUGGUGUCCGACCCUGCCCAGAGUUACGUACUUCUUCAUAUGCCCAUAUGAGUUUCCAGGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUUUGUGGUGUGGAACAUCUUCAAUCAUAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAACCUUGGUGUCCGACC UG -| G U C GC UGAGUU C C CCA AG UACGUACUUCUU AUAU CCAUA \ G G GGU UU AUGUAUGAAGAA UGUA GGUAU U AAAUACUAACUUCUACAA GU U^ G U A A- CGGACC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | This gene is classified as a Group 2 miRNA because although the 3'-most U would be templated given the 5' end of the 3' offset reads it appears that the terminal U is added post-transcriptionally. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sto-Mir-1-P4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGUACUUCUUCAUAUGCCCAUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Sto-Mir-1-P4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUA -59
Get sequence
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