MirGeneDB ID | Pbv-Mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-122 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-122 Ami-Mir-122 Bta-Mir-122 Cfa-Mir-122 Cja-Mir-122 Cli-Mir-122 Cmi-Mir-122 Cpi-Mir-122 Cpo-Mir-122 Dno-Mir-122 Dre-Mir-122 Ebu-Mir-122-P3 Ebu-Mir-122-P4 Eca-Mir-122 Ete-Mir-122 Gga-Mir-122-P1 Gga-Mir-122-P2 Gja-Mir-122 Gmo-Mir-122 Hsa-Mir-122 Laf-Mir-122 Lch-Mir-122 Loc-Mir-122 Mal-Mir-122 Mdo-Mir-122 Mml-Mir-122 Mmr-Mir-122 Mmr-Mir-122-as Mmu-Mir-122 Mun-Mir-122 Neu-Mir-122 Oan-Mir-122 Ocu-Mir-122 Pab-Mir-122 Pma-Mir-122 Rno-Mir-122 Sha-Mir-122 Spt-Mir-122 Sto-Mir-122 Tgu-Mir-122 Tni-Mir-122 Xla-Mir-122-P5 Xla-Mir-122-P6 Xtr-Mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE953092.1: 34318-34375 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCUCUGAGACUUCUUUUCUGCUGGAGCUUUGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGUAUCCAAUCUCUCAAACGCCAUUAUCACACUAAAUAGCUACUGUUAGAUAAACCAUCAGGUGCAGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UCCUCUGAGACUUCUUU- CU -| UUGG C UAUCC UCUG GG AGCU AGUGUGA AAUGGUGUUUG A AGAU UC UCGA UCACACU UUACCGCAAAC A GGACGUGGACUACCAAAU UG A^ UAAA A UCUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pbv-Mir-122_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG -22
Get sequence
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Star sequence | Pbv-Mir-122_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038910 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AACGCCAUUAUCACACUAAAUA -58
Get sequence
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