MirGeneDB ID | Gmo-Mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-122 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-122 Ami-Mir-122 Bta-Mir-122 Cfa-Mir-122 Cja-Mir-122 Cli-Mir-122 Cmi-Mir-122 Cpi-Mir-122 Cpo-Mir-122 Dno-Mir-122 Dre-Mir-122 Ebu-Mir-122-P3 Ebu-Mir-122-P4 Eca-Mir-122 Ete-Mir-122 Gga-Mir-122-P1 Gga-Mir-122-P2 Gja-Mir-122 Hsa-Mir-122 Laf-Mir-122 Lch-Mir-122 Loc-Mir-122 Mal-Mir-122 Mdo-Mir-122 Mml-Mir-122 Mmr-Mir-122 Mmr-Mir-122-as Mmu-Mir-122 Mun-Mir-122 Neu-Mir-122 Oan-Mir-122 Ocu-Mir-122 Pab-Mir-122 Pbv-Mir-122 Pma-Mir-122 Rno-Mir-122 Sha-Mir-122 Spt-Mir-122 Sto-Mir-122 Tgu-Mir-122 Tni-Mir-122 Xla-Mir-122-P5 Xla-Mir-122-P6 Xtr-Mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig56666: 652-710 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUCCAUCACACACCGUCUUCUAGAGCUGUGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGUUGUCUGAGCUUUCAAACGCCAUUAUCACACUAAAUAGCUACAGCGAGAACUGGCCCCACAAACGACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUGUCCAUCACACACCG- -| AG GG C UUGUCU UCUU CU AGCUGU AGUGUGA AAUGGUGUUUG \ AGAG GA UCGAUA UCACACU UUACCGCAAAC G CAGCAAACACCCCGGUCA C^ CA AA A UUUCGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-122_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044063 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG -22
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-122_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0044064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AACGCCAUUAUCACACUAAAUA -59
Get sequence
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