| MirGeneDB ID | Oan-Mir-133-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-133c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-133-P1-v1 Oan-Mir-133-P2-v1 Oan-Mir-133-P3-v1 Oan-Mir-133-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-133 Aca-Mir-133-P4-v1 Aga-Mir-133 Ami-Mir-133-P4-v1 Asu-Mir-133 Bge-Mir-133 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cin-Mir-133 Cli-Mir-133-P4-v1 Cmi-Mir-133-P4-v1 Cpi-Mir-133-P4-v1 Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dpu-Mir-133 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Gga-Mir-133-P4-v1 Gja-Mir-133-P4-v1 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Isc-Mir-133 Lan-Mir-133 Lch-Mir-133-P4 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Mgi-Mir-133 Mom-Mir-133 Mun-Mir-133-P4-v1 Obi-Mir-133 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pau-Mir-133 Pbv-Mir-133-P4-v1 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pdu-Mir-133 Pma-Mir-133-o4-v1 Pve-Mir-133 Rph-Mir-133 Sma-Mir-133 Snu-Mir-133 Spt-Mir-133-P4 Spu-Mir-133 Sto-Mir-133-P4-v1 Tca-Mir-133 Tgu-Mir-133-P4-v1 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 Xla-Mir-133-P4a Xla-Mir-133-P4b Xtr-Mir-133-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041743.1: 39748895-39748952 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-133-P4-v2) |
Mir-1-P4
NC_041743.1: 39748483-39748544 [+]
Mir-133-P4-v1 NC_041743.1: 39748895-39748952 [+] Mir-133-P4-v2 NC_041743.1: 39748895-39748952 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Oan-Mir-133-P4-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGGUCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCCGGCAAGCGAGUUGGCCAGCUGCUGGGGCUGGUCAAAAGGAACCAGAUCGCCUCUCCACCUGAUUUGGUCCCCUUCAACCGGCUGCAGCGGGUUGCCGGCCUCUCCCUACCUUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCCCGGCAAGCGAGUUG--| CAG G CA A A CGCCUC GC CUGCUG GGCUGGU AA GG ACCAGAU U CG GGCGAC UCGGCCA UU CC UGGUUUA C UCUUCCAUCCCUCUCCGGC^ UUG G AC C C GUCCAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-133-P4-v2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUCAAAAGGAACCAGAU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-133-P4-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0007150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUGGUCCCCUUCAACCGGCUG -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Oan-Mir-133-P4-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCCGGCAAGCGAGUUGGCCAGCUGCUGGGGCUGGUCAAAAGGAACCAGAUCGCCUCUCCACCUGAUUUGGUCCCCUUCAACCGGCUGCAGCGGGUUGCCGGCCUCUCCCUACCUUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCCCGGCAAGCGAGUUG--| CAG G CA A A GCCUC GC CUGCUG GGCUGGU AA GG ACCAGAUC U CG GGCGAC UCGGCCA UU CC UGGUUUAG C UCUUCCAUCCCUCUCCGGC^ UUG G AC C C UCCAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-133-P4-v1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUCAAAAGGAACCAGAUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-133-P4-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0007150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUUGGUCCCCUUCAACCGGCUG -58
Get sequence
|
