MirGeneDB ID | Lpo-Mir-10-P3q | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCCUGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Mir-10-P1k-v1 Lpo-Mir-10-P1k-v2 Lpo-Mir-10-P1l-v1 Lpo-Mir-10-P1l-v2 Lpo-Mir-10-P1m-v1 Lpo-Mir-10-P1m-v2 Lpo-Mir-10-P1n-v1 Lpo-Mir-10-P1n-v2 Lpo-Mir-10-P1o-v1 Lpo-Mir-10-P1o-v2 Lpo-Mir-10-P1p-v1 Lpo-Mir-10-P1p-v2 Lpo-Mir-10-P2o Lpo-Mir-10-P2p Lpo-Mir-10-P2q Lpo-Mir-10-P3o Lpo-Mir-10-P3p Lpo-Mir-10-P4j Lpo-Mir-10-P4k Lpo-Mir-10-P4l Lpo-Mir-10-P4m Lpo-Mir-10-P4n | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P3 Asu-Mir-10-P3 Bfl-Mir-10-P3 Bge-Mir-10-P3 Bla-Mir-10-P3 Bpl-Mir-10-P3 Cgi-Mir-10-P3 Cin-Mir-10-P3 Cte-Mir-10-P3 Dan-Mir-10-P3 Dma-Mir-10-P3 Dme-Mir-10-P3 Dmo-Mir-10-P3 Dpu-Mir-10-P3 Dsi-Mir-10-P3 Dya-Mir-10-P3 Esc-Mir-10-P3 Isc-Mir-10-P3 Lan-Mir-10-P3 Lgi-Mir-10-P3 Nve-Mir-10 Obi-Mir-10-P3 Ovu-Mir-10-P3 Pmi-Mir-10-P3 Sko-Mir-10-P3 Spu-Mir-10-P3 Tca-Mir-10-P3 Xbo-Mir-10-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013667555.1: 75540-75596 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCAGACAUUAUAUGAUCUCUGUUCCCCACUCCCUGAGACCCUAGCUUGUGAAAGAUUAAAGGUUACAGGCUAGAAUCUCAGGCCCUGGGUGACAGGCCGGCAAAAGCUGCAUGAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCCAGACAUUAUAUGAUC--| UC CUC CC AAGAU UCUGU CCCA CCUGAGA CUAGCUUGUGA \ GGACA GGGU GGACUCU GAUCGGACAUU U GGAGUACGUCGAAAACGGCC^ GU CCC AA GGAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Lpo-Mir-10-P3q_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCCUGAGACCCUAGCUUGUGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Lpo-Mir-10-P3q_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- ACAGGCUAGAAUCUCAGGCCCU -57
Get sequence
|