| MirGeneDB ID | Gpa-Mir-2-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tsetse fly (Glossina pallidipes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gpa-Mir-2-P1-v1 Gpa-Mir-2-P2a Gpa-Mir-2-P2b Gpa-Mir-2-P3a Gpa-Mir-2-P3b Gpa-Mir-2-P4a-v1 Gpa-Mir-2-P4b-v1 Gpa-Mir-2-P5-v1 Gpa-Mir-2-P6 Gpa-Mir-2-P7 Gpa-Mir-2-P8 Gpa-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Dan-Mir-2-P4a-v1 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4a-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GpalI1) |
Scaffold18: 2343517-2343607 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4a-v2) |
Mir-2-P4b-v1
Scaffold18: 2343308-2343367 [-]
Ensembl
Mir-2-P4b-v2 Scaffold18: 2343308-2343367 [-] Ensembl Mir-2-P4a-v1 Scaffold18: 2343517-2343607 [-] Ensembl Mir-2-P4a-v2 Scaffold18: 2343517-2343607 [-] Ensembl Mir-2-P3b Scaffold18: 2343730-2343802 [-] Ensembl |
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| Variant | Gpa-Mir-2-P4a-v2 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUAUGAAAAUUUUUCGGCACUUGUCCUAGCCUCACAAAGUGGCUGUGAAAUGUUGUGAAUUAUAUGAUUUUAGUUCUAAUUCAAUCUAAAAUUGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGACUUGUUGCACAGUAAUCAAUUAAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UAUAUGAAAAUUUUUCG- - UU C - -| AAUGUUGUGAAUUAUAUGAUUUUA GC AC GUCCUAG CUCA CAAAG UGGCUGUGA G CG UG CAGGAUC GAGU GUUUC ACCGACACU U ACGAAUUAACUAAUGACA U UU - A G^ AUACGUUAAAAUCUAACUUAAUCU . 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gpa-Mir-2-P4a-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCACAAAGUGGCUGUGAAA -21
Get sequence
|
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| Mature sequence | Gpa-Mir-2-P4a-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
69- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -91
Get sequence
|
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| Variant | Gpa-Mir-2-P4a-v1 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUAUGAAAAUUUUUCGGCACUUGUCCUAGCCUCACAAAGUGGCUGUGAAAUGUUGUGAAUUAUAUGAUUUUAGUUCUAAUUCAAUCUAAAAUUGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGACUUGUUGCACAGUAAUCAAUUAAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UAUAUGAAAAUUUUUCG- - UU C - -| A UUGUGAAUUAUAUGAUUUUA GC AC GUCCUAG CUCA CAAAG UGGCUGUGA AUG G CG UG CAGGAUC GAGU GUUUC ACCGACACU UAC U ACGAAUUAACUAAUGACA U UU - A G^ A GUUAAAAUCUAACUUAAUCU . 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gpa-Mir-2-P4a-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCACAAAGUGGCUGUGAAAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gpa-Mir-2-P4a-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
67- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -91
Get sequence
|
