| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-2-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dsi-mir-2a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dsi-Mir-2-P1-v1 Dsi-Mir-2-P2a Dsi-Mir-2-P2b1 Dsi-Mir-2-P2b2 Dsi-Mir-2-P3a Dsi-Mir-2-P3b Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dsi-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P6a Dsi-Mir-2-P6b Dsi-Mir-2-P6c Dsi-Mir-2-P7 Dsi-Mir-2-P8 Dsi-Mir-2-P9-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dpu-Mir-2-P4 Dya-Mir-2-P4b-v1 Gpa-Mir-2-P4b-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2L: 19065170-19065229 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4b-v2) |
Mir-2-P4b-v1
2L: 19065170-19065229 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P4b-v2 2L: 19065170-19065229 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P4a-v1 2L: 19065589-19065654 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P4a-v2 2L: 19065589-19065654 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P3b 2L: 19065872-19065940 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dsi-Mir-2-P4b-v2 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCUCACCCGUACGAUGUUGAUUAUCUAAGCCUCAUCAAGUGGUUGUGAUAUGGAUACCCAACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGAUAAUCAACGGGAGACAACGUAAAUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCUCACCCGUACGAUG-- A C --| UGGAUAC UUGAUUAUCU AG CUCAUCAAG UGGUUGUGAUA \ AACUAAUAGG UC GAGUAGUUU ACCGACACUAU C AGUAAAUGCAACAGAGGGC A - CG^ ACGCAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dsi-Mir-2-P4b-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCAUCAAGUGGUUGUGAUA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Dsi-Mir-2-P4b-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -60
Get sequence
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| Variant | Dsi-Mir-2-P4b-v1 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCUCACCCGUACGAUGUUGAUUAUCUAAGCCUCAUCAAGUGGUUGUGAUAUGGAUACCCAACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGAUAAUCAACGGGAGACAACGUAAAUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCUCACCCGUACGAUG-- A C --| GAUAC UUGAUUAUCU AG CUCAUCAAG UGGUUGUGAUAUG \ AACUAAUAGG UC GAGUAGUUU ACCGACACUAUAC C AGUAAAUGCAACAGAGGGC A - CG^ GCAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dsi-Mir-2-P4b-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCAUCAAGUGGUUGUGAUAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dsi-Mir-2-P4b-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -60
Get sequence
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