| MirGeneDB ID | Dre-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-144-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-144 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Dno-Mir-144 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Oan-Mir-144 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr5: 42272092-42272150 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v2) |
Mir-451
chr5: 42271979-42272020 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v1 chr5: 42272092-42272150 [-] UCSC Ensembl Mir-144-v2 chr5: 42272092-42272150 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-144-v2 |
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| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUGAUUGUUUUAAUCUUGCUCUCUAGACAGGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGUUCAUUAUUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAUCCAGGGGGUCAACGAGCCUCUGACGGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUUGAUUGUUUUAAUCUU--| A C G G A UCAUUA GCUCUCU GA AG AUAUCAUC UAUACUGUA GU \ UGGGGGA CU UC UGUAGUAG AUAUGACAU CA U UUUGGCAGUCUCCGAGCAAC^ C A A - - CAGAGU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-144-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-144-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001841 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-144 |
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| Variant | Dre-Mir-144-v1 |
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| Seed | ACAGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUGAUUGUUUUAAUCUUGCUCUCUAGACAGGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGUUCAUUAUUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAUCCAGGGGGUCAACGAGCCUCUGACGGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUUGAUUGUUUUAAUCUU--| A C G G AGUUCAUU GCUCUCU GA AG AUAUCAUC UAUACUGUA A UGGGGGA CU UC UGUAGUAG AUAUGACAU U UUUGGCAGUCUCCGAGCAAC^ C A A - CACAGAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-144-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCGUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-144-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001841 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-144 |
