| MirGeneDB ID | Csc-Mir-252-P2l | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Arizona bark scorpion (Centruroides sculpturatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Csc-Mir-252-P1k Csc-Mir-252-P1l Csc-Mir-252-P2k Csc-Mir-252-P2l-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-252-P2 Aga-Mir-252-P2 Agr-Mir-252-P2 Bfl-Mir-252-P2 Bge-Mir-252-P2-v1 Bla-Mir-252-P2 Cbr-Mir-252-P2 Cel-Mir-252-P2 Cte-Mir-252-P2 Dan-Mir-252-P2-v1 Dlo-Mir-252-P2 Dma-Mir-252-P2-v1 Dme-Mir-252-P2-v1 Dmo-Mir-252-P2-v1 Dpu-Mir-252-P2-v1 Dsi-Mir-252-P2-v1 Dya-Mir-252-P2-v1 Eba-Mir-252-P2 Gpa-Mir-252-P2 Hme-Mir-252-P2 Hru-Mir-252-P2 Isc-Mir-252-P2-v1 Lan-Mir-252-P2 Lgi-Mir-252-P2 Llo-Mir-252-P2 Mgi-Mir-252-P2 Mom-Mir-252-P2 Npo-Mir-252-P2 Ofu-Mir-252-P2 Pau-Mir-252-P2 Pcr-Mir-252-P2 Pdu-Mir-252-P2 Pfl-Mir-252-P2 Pmi-Mir-252-P2 Pve-Mir-252-P2 Sko-Mir-252-P2 Snu-Mir-252-P2 Spu-Mir-252-P2 Tca-Mir-252-P2 Tur-Mir-252-P2-v1 War-Mir-252-P2 Xbo-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. sculpturatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000671375.1_CSC) |
NW_019384413.1: 883438-883498 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P2l-v2) |
Mir-2001
NW_019384413.1: 874212-874272 [+]
Ensembl
Mir-252-P2l-v1 NW_019384413.1: 883437-883499 [+] Ensembl Mir-252-P2l-v2 NW_019384413.1: 883438-883498 [+] Ensembl |
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| Variant | Csc-Mir-252-P2l-v2 |
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| Seed | AAGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACAGUGGUGUGGCCCGUACUGGUCCGUUCUAAGUACUAGCGCCGCAGGAGUGUGAUGAUCUUAUUCACCCCUGCAGUCUUGGUACUUAACACGGGACAGUCGUAUCUCAUCUUACAACAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UACAGUGGUGUGGCCCGU--| GU UC C C A UGAUGA ACUG CCGU UAAGUACUAG GC GCAGG GUG \ UGAC GGCA AUUCAUGGUU UG CGUCC CAC U UACAACAUUCUACUCUAUGC^ AG CA C A C UUAUUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Csc-Mir-252-P2l-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGUACUAGCGCCGCAGGAGUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Csc-Mir-252-P2l-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACCCCUGCAGUCUUGGUACUUAAC -61
Get sequence
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| Variant | Csc-Mir-252-P2l-v1 |
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| Seed | UAAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUACAGUGGUGUGGCCCGUACUGGUCCGUUCUAAGUACUAGCGCCGCAGGAGUGUGAUGAUCUUAUUCACCCCUGCAGUCUUGGUACUUAACACGGGACAGUCGUAUCUCAUCUUACAACAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUACAGUGGUGUGGCCC---|U GU UC C C A GUGAUGA G ACUG CCGU UAAGUACUAG GC GCAGG GU \ C UGAC GGCA AUUCAUGGUU UG CGUCC CA U GUACAACAUUCUACUCUAUG^- AG CA C A C CUUAUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Csc-Mir-252-P2l-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGUACUAGCGCCGCAGGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Csc-Mir-252-P2l-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CCCCUGCAGUCUUGGUACUUAACA -63
Get sequence
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