| MirGeneDB ID | Cmi-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cmi-Mir-132-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-132-P1 Ami-Mir-132-P1 Bta-Mir-132-P1 Cfa-Mir-132-P1 Cja-Mir-132-P1 Cpi-Mir-132-P1 Cpo-Mir-132-P1 Dno-Mir-132-P1 Dre-Mir-132-P1a Dre-Mir-132-P1b Ebu-Mir-132-P1e Ebu-Mir-132-P1f Eca-Mir-132-P1 Ete-Mir-132-P1 Gga-Mir-132-P1 Gja-Mir-132-P1 Gmo-Mir-132-P1a Gmo-Mir-132-P1b Hsa-Mir-132-P1 Laf-Mir-132-P1 Lch-Mir-132-P1 Loc-Mir-132-P1 Mal-Mir-132-P1a Mal-Mir-132-P1b Mdo-Mir-132-P1 Mml-Mir-132-P1 Mmr-Mir-132-P1 Mmu-Mir-132-P1 Mun-Mir-132-P1 Neu-Mir-132-P1 Oan-Mir-132-P1 Ocu-Mir-132-P1 Pab-Mir-132-P1 Pbv-Mir-132-P1 Pma-Mir-132-o1 Rno-Mir-132-P1 Sha-Mir-132-P1 Spt-Mir-132-P1 Sto-Mir-132-P1 Tgu-Mir-132-P1 Tni-Mir-132-P1a Tni-Mir-132-P1b Xla-Mir-132-P1c Xla-Mir-132-P1d Xtr-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI635901.1: 1951348-1951406 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P1) |
Mir-2184-v2
KI635901.1: 1948839-1948898 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2184-v1 KI635901.1: 1948840-1948897 [+] UCSC Ensembl Mir-132-P1 KI635901.1: 1951348-1951406 [-] UCSC Ensembl Mir-132-P2 KI635901.1: 1954345-1954406 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AACAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACAGCCCAUCUCCGCCUGGUUCCAUGGUGACCGUGGCUUUCGAUUGUUAUUGUCAGUGUGGUGUAGUAACAGUCUACAGCCAUGGUUGUUUGGACAGGAAGCAACCUGCCGCGACUCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UACAGCCCAUCUCCGCCUGGU---| U UG UUC GUCAGU UCCA GG ACCGUGGCU GAUUGUUAUU \ AGGU UU UGGUACCGA CUGACAAUGA G CCUCAGCGCCGUCCAACGAAGGAC^ - GU CAU UGUGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cmi-Mir-132-P1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCGUGGCUUUCGAUUGUUAUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cmi-Mir-132-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAACAGUCUACAGCCAUGGUUG -59
Get sequence
|
