| MirGeneDB ID | Tni-Mir-132-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-132-P1b Tni-Mir-132-P2a Tni-Mir-132-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-132-P1 Ami-Mir-132-P1 Bta-Mir-132-P1 Cfa-Mir-132-P1 Cja-Mir-132-P1 Cmi-Mir-132-P1 Cpi-Mir-132-P1 Cpo-Mir-132-P1 Dno-Mir-132-P1 Dre-Mir-132-P1a Eca-Mir-132-P1 Ete-Mir-132-P1 Gga-Mir-132-P1 Gja-Mir-132-P1 Gmo-Mir-132-P1a Hsa-Mir-132-P1 Laf-Mir-132-P1 Lch-Mir-132-P1 Loc-Mir-132-P1 Mal-Mir-132-P1a Mdo-Mir-132-P1 Mml-Mir-132-P1 Mmr-Mir-132-P1 Mmu-Mir-132-P1 Mun-Mir-132-P1 Neu-Mir-132-P1 Oan-Mir-132-P1 Ocu-Mir-132-P1 Pab-Mir-132-P1 Pbv-Mir-132-P1 Pma-Mir-132-o1 Rno-Mir-132-P1 Sha-Mir-132-P1 Spt-Mir-132-P1 Sto-Mir-132-P1 Tgu-Mir-132-P1 Xtr-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
Un_random: 63608572-63608634 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P1a) |
Mir-132-P2a
Un_random: 63608305-63608373 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1a Un_random: 63608572-63608634 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AACAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUCAUAUUUCCGCAGUUGUCUCCAUGGUUACCGUGGCAUUAGAUUGUUACUGUAGCAACUGCACCAGCGGUAACAGUCUACAGCCAUGGUCGCUAGGGGGCAAGCCAGACAACUGUUGAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUCAUAUUUCCGCAGU---| A U AU GUAGCAAC UGUCUCC UGGU ACCGUGGC UAGAUUGUUACU \ ACGGGGG AUCG UGGUACCG AUCUGACAAUGG U AAGAGUUGUCAACAGACCGA^ - C AC CGACCACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-132-P1a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCGUGGCAUUAGAUUGUUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-132-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAACAGUCUACAGCCAUGGUCG -63
Get sequence
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