| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-132-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-132-P1 Ami-Mir-132-P1 Bta-Mir-132-P1 Cfa-Mir-132-P1 Cja-Mir-132-P1 Cmi-Mir-132-P1 Cpi-Mir-132-P1 Cpo-Mir-132-P1 Dno-Mir-132-P1 Dre-Mir-132-P1a Dre-Mir-132-P1b Ebu-Mir-132-P1e Ebu-Mir-132-P1f Eca-Mir-132-P1 Ete-Mir-132-P1 Gga-Mir-132-P1 Gja-Mir-132-P1 Gmo-Mir-132-P1a Gmo-Mir-132-P1b Hsa-Mir-132-P1 Laf-Mir-132-P1 Lch-Mir-132-P1 Loc-Mir-132-P1 Mal-Mir-132-P1a Mal-Mir-132-P1b Mml-Mir-132-P1 Mmr-Mir-132-P1 Mmu-Mir-132-P1 Mun-Mir-132-P1 Neu-Mir-132-P1 Oan-Mir-132-P1 Ocu-Mir-132-P1 Pab-Mir-132-P1 Pbv-Mir-132-P1 Pma-Mir-132-o1 Rno-Mir-132-P1 Sha-Mir-132-P1 Spt-Mir-132-P1 Sto-Mir-132-P1 Tgu-Mir-132-P1 Tni-Mir-132-P1a Tni-Mir-132-P1b Xla-Mir-132-P1c Xla-Mir-132-P1d Xtr-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
2: 517586552-517586609 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P1) |
Mir-132-P1
2: 517586552-517586609 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P2 2: 517587377-517587438 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AACAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCCCACCCGCCCCCGCGUCUCCAGGGCAACCGUGGCUUUCGAUUGUUACUGUGGGAACCAGGGGUAACAGUCUACAGCCAUGGUCGCCCCGCAGCACGCCCACGCGGCUGUUCCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCCCCACCCGCCCCCG- -| CCA A UUC GUGGG CGU CU GGGC ACCGUGGCU GAUUGUUACU A GCA GA CCCG UGGUACCGA CUGACAAUGG A CUCCUUGUCGGCGCACCC C^ CGC C CAU GGACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -1 relative to what is annotated here and this cut is a likely Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-132-P1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCGUGGCUUUCGAUUGUUACU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-132-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-132-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAACAGUCUACAGCCAUGGUCG -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-132-3p |
