| MirGeneDB ID | Cmi-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2184 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cmi-Mir-2184-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-2184 Cpi-Mir-2184 Gga-Mir-2184 Gmo-Mir-2184 Lch-Mir-2184 Loc-Mir-2184 Mun-Mir-2184 Xtr-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI635901.1: 1948839-1948898 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2184-v2) |
Mir-2184-v2
KI635901.1: 1948839-1948898 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2184-v1 KI635901.1: 1948840-1948897 [+] UCSC Ensembl Mir-132-P1 KI635901.1: 1951348-1951406 [-] UCSC Ensembl Mir-132-P2 KI635901.1: 1954345-1954406 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cmi-Mir-2184-v2 |
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| Seed | AACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACUGAUGGACAAACUCGGCUGGUUUCACAGAACAGUAAGAGUUUAUGUGCUGUGGACAGUGGGUCAGCACAUAAACUCCUACAGUUCAGAGAGGCAAGUCACGCCGACUUCACCACCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACUGAUGGACAAACUC--| G ACA A A GUGGAC GGCU GUUUC GAAC GUA GAGUUUAUGUGCU A CUGA CGGAG CUUG CAU CUCAAAUACACGA G AACCACCACUUCAGCCGCA^ A AGA A C CUGGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cmi-Mir-2184-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAACAGUAAGAGUUUAUGUGCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Cmi-Mir-2184-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CACAUAAACUCCUACAGUUCAG -60
Get sequence
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| Variant | Cmi-Mir-2184-v1 |
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| Seed | ACAGUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUGAUGGACAAACUCGGCUGGUUUCACAGAACAGUAAGAGUUUAUGUGCUGUGGACAGUGGGUCAGCACAUAAACUCCUACAGUUCAGAGAGGCAAGUCACGCCGACUUCACCACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUGAUGGACAAACUCG--| G ACA A A UGGAC GCU GUUUC GAAC GUA GAGUUUAUGUGCUG A UGA CGGAG CUUG CAU CUCAAAUACACGAC G ACCACCACUUCAGCCGCAC^ A AGA A C UGGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cmi-Mir-2184-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAGUAAGAGUUUAUGUGCUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Cmi-Mir-2184-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GCACAUAAACUCCUACAGUUCA -58
Get sequence
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