| MirGeneDB ID | Ami-Mir-133-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-133a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-133-P1-v1 Ami-Mir-133-P2-v1 Ami-Mir-133-P3-v1 Ami-Mir-133-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-133 Aca-Mir-133-P4-v1 Aga-Mir-133 Asu-Mir-133 Bge-Mir-133 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cin-Mir-133 Cli-Mir-133-P4-v1 Cmi-Mir-133-P4-v1 Cpi-Mir-133-P4-v1 Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dpu-Mir-133 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Gga-Mir-133-P4-v1 Gja-Mir-133-P4-v1 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Isc-Mir-133 Lan-Mir-133 Lch-Mir-133-P4 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Mgi-Mir-133 Mom-Mir-133 Mun-Mir-133-P4-v1 Oan-Mir-133-P4-v1 Obi-Mir-133 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pau-Mir-133 Pbv-Mir-133-P4-v1 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pdu-Mir-133 Pma-Mir-133-o4-v1 Pve-Mir-133 Rph-Mir-133 Sma-Mir-133 Snu-Mir-133 Spt-Mir-133-P4 Spu-Mir-133 Sto-Mir-133-P4-v1 Tca-Mir-133 Tgu-Mir-133-P4-v1 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 Xla-Mir-133-P4a Xla-Mir-133-P4b Xtr-Mir-133-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017707671.1: 2163887-2163944 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-133-P4-v2) |
Mir-133-P4-v1
NW_017707671.1: 2163887-2163944 [-]
UCSC
Mir-133-P4-v2 NW_017707671.1: 2163887-2163944 [-] UCSC Mir-1-P4 NW_017707671.1: 2164097-2164159 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ami-Mir-133-P4-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGGUCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCCCUCAGAGAAAGAGUGUGUUCCUGGGGCUGGUAAAAAGGAACCAGAUCAACUUGGAACUGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUAGUGGCACAUAAAUCAGCAGCCUGGGAGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGGCCCUCAGAGAAAGA--| UC G AAA A- CAACUU GUGUGU CUG GGCUGGU AAGG ACCAGAU G UACACG GAU UCGACCA UUCC UGGUUUA G AGAGGGUCCGACGACUAAA^ GU G AC- CC GGUCAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ami-Mir-133-P4-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUAAAAAGGAACCAGAU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-133-P4-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUGGUCCCCUUCAACCAGCUG -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ami-Mir-133-P4-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCCCUCAGAGAAAGAGUGUGUUCCUGGGGCUGGUAAAAAGGAACCAGAUCAACUUGGAACUGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUAGUGGCACAUAAAUCAGCAGCCUGGGAGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGGCCCUCAGAGAAAGA--| UC G AAA A- AACUU GUGUGU CUG GGCUGGU AAGG ACCAGAUC G UACACG GAU UCGACCA UUCC UGGUUUAG G AGAGGGUCCGACGACUAAA^ GU G AC- CC GUCAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ami-Mir-133-P4-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUAAAAAGGAACCAGAUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-133-P4-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUUGGUCCCCUUCAACCAGCUG -58
Get sequence
|
