MirGeneDB ID | Xtr-Mir-148-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-148 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-148a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-148-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-148-P1 Bta-Mir-148-P1 Cfa-Mir-148-P1 Cja-Mir-148-P1 Cli-Mir-148-P1 Cli-Mir-148-P1-as Cmi-Mir-148-P1 Cpi-Mir-148-P1 Cpo-Mir-148-P1 Dno-Mir-148-P1 Ebu-Mir-148 Eca-Mir-148-P1 Ete-Mir-148-P1 Gga-Mir-148-P1 Gja-Mir-148-P1 Hsa-Mir-148-P1 Laf-Mir-148-P1 Lch-Mir-148-P1 Loc-Mir-148-P1 Mdo-Mir-148-P1 Mml-Mir-148-P1 Mmr-Mir-148-P1 Mmu-Mir-148-P1 Mun-Mir-148-P1 Oan-Mir-148-P1 Ocu-Mir-148-P1 Pab-Mir-148-P1 Pbv-Mir-148-P1 Pma-Mir-148-o1 Rno-Mir-148-P1 Spt-Mir-148-P1 Sto-Mir-148-P1 Tgu-Mir-148-P1 Tgu-Mir-148-P1-as Xla-Mir-148-P1a Xla-Mir-148-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr6: 33524418-33524477 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGCACUUUGCUUACUAGUCUUUUAAAUCAAAGUUCUGUGACACUUAGACUCUGAAUAUGAUAGCAGUCAGUGCACUACAGAACUUUGUUUUGGGAGUCUGCAGCUUCUCCUGUGAGUGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CCAGCACUUUGCUUACU-- U U A--| UA CUGAAU AG CUUUUAAA CAAAGUUCUGUG CACU GACU A UC GAGGGUUU GUUUCAAGACAU GUGA CUGA U GUGAGUGUCCUCUUCGACG U U CAC^ -- CGAUAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xtr-Mir-148-P1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAGUUCUGUGACACUUAGACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Xtr-Mir-148-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003664 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCAGUGCACUACAGAACUUUGU -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-148a |