MirGeneDB ID | Oan-Mir-148-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-148 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | oan-mir-148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Oan-Mir-148-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-148-P1 Bta-Mir-148-P1 Cfa-Mir-148-P1 Cja-Mir-148-P1 Cli-Mir-148-P1 Cli-Mir-148-P1-as Cmi-Mir-148-P1 Cpi-Mir-148-P1 Cpo-Mir-148-P1 Dno-Mir-148-P1 Ebu-Mir-148 Eca-Mir-148-P1 Ete-Mir-148-P1 Gga-Mir-148-P1 Gja-Mir-148-P1 Hsa-Mir-148-P1 Laf-Mir-148-P1 Lch-Mir-148-P1 Loc-Mir-148-P1 Mdo-Mir-148-P1 Mml-Mir-148-P1 Mmr-Mir-148-P1 Mmu-Mir-148-P1 Mun-Mir-148-P1 Ocu-Mir-148-P1 Pab-Mir-148-P1 Pbv-Mir-148-P1 Pma-Mir-148-o1 Rno-Mir-148-P1 Spt-Mir-148-P1 Sto-Mir-148-P1 Tgu-Mir-148-P1 Tgu-Mir-148-P1-as Xla-Mir-148-P1a Xla-Mir-148-P1b Xtr-Mir-148-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041735.1: 56269380-56269439 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGGAAAAACGGACCUAGUCUUUUGAGGCAAAGUUCUGUGACACUCAGACUCUGAUUAUGAUAGAAGUCAGUGCACUACAGAACUUUGUCUCCAGAGGCUGUCGCGGCGACUGGGGGGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAAGGAAAAACGGACCU-- U A--| CA CUGAUU AGUCUUU GAGGCAAAGUUCUGUG CACU GACU A UCGGAGA CUCUGUUUCAAGACAU GUGA CUGA U UGGGGGGUCAGCGGCGCUG C CAC^ -- AGAUAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Oan-Mir-148-P1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0007137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAGUUCUGUGACACUCAGACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Oan-Mir-148-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0007138 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCAGUGCACUACAGAACUUUGU -60
Get sequence
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