| MirGeneDB ID | Xla-Mir-1306-P1a | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1306 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-1306-P1b | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1306 Ami-Mir-1306 Bta-Mir-1306 Cfa-Mir-1306 Cja-Mir-1306 Cli-Mir-1306 Cmi-Mir-1306 Cpi-Mir-1306 Cpo-Mir-1306 Dno-Mir-1306 Dre-Mir-1306 Eca-Mir-1306 Ete-Mir-1306 Gga-Mir-1306 Gja-Mir-1306 Gmo-Mir-1306 Hsa-Mir-1306 Laf-Mir-1306 Lch-Mir-1306 Loc-Mir-1306 Mal-Mir-1306 Mdo-Mir-1306 Mml-Mir-1306 Mmr-Mir-1306 Mmu-Mir-1306 Mun-Mir-1306 Neu-Mir-1306 Oan-Mir-1306 Ocu-Mir-1306 Pab-Mir-1306 Pbv-Mir-1306 Rno-Mir-1306 Sha-Mir-1306 Spt-Mir-1306 Sto-Mir-1306 Tgu-Mir-1306 Tni-Mir-1306 Xtr-Mir-1306 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030724.1: 155449752-155449812 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1306-P1a) |
Mir-1306-P1a
NC_030724.1: 155449752-155449812 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1306-P1b NC_030724.1: 155490167-155490227 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CACCUCC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCACCUCUGCCGCCAGAAGAAGAGCCUCCACCACCUCCCCUGCAAACGUCCAGUGACGCAGAGGUAAUGGACGUUGGCUCUGGUGGUGAUGGACAGUCACAAACCCCAGCUGGGGAACUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCACCUCUGCCGCCAGAA-----| AGAG UC UCCCCU A GUGACGC GA CC CACCACC GC AACGUCCA \ CU GG GUGGUGG CG UUGCAGGU A CGUCAAGGGGUCGACCCCAAACA^ GACA UA UCU--- G AAUGGAG . 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | Mir-1306 is an unusual miRNA as it is derived from the 5'-most coding-exon of the DGCR8 gene. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-1306-P1a_5p |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCACCUCCCCUGCAAACGUCCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-1306-P1a_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GACGUUGGCUCUGGUGGUGAUG -61
Get sequence
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