MirGeneDB ID | Sto-Mir-1306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1306 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACCUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1306 Ami-Mir-1306 Bta-Mir-1306 Cfa-Mir-1306 Cli-Mir-1306 Cmi-Mir-1306 Cpi-Mir-1306 Cpo-Mir-1306 Dno-Mir-1306 Dre-Mir-1306 Ete-Mir-1306 Gga-Mir-1306 Gja-Mir-1306 Gmo-Mir-1306 Hsa-Mir-1306 Lch-Mir-1306 Loc-Mir-1306 Mal-Mir-1306 Mdo-Mir-1306 Mml-Mir-1306 Mmu-Mir-1306 Mun-Mir-1306 Oan-Mir-1306 Ocu-Mir-1306 Pbv-Mir-1306 Rno-Mir-1306 Sha-Mir-1306 Spt-Mir-1306 Tgu-Mir-1306 Tni-Mir-1306 Xla-Mir-1306-P1a Xla-Mir-1306-P1b Xtr-Mir-1306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01020415.1: 2727-2787 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUCUUCCUCCAAGCACGCCGCCGCCUCCACCACCUCCCCUGCAAAUGUCCAGUGACGCAGAAGUUAUGGACGUUGGCUCUGGUGGUGAUGGACUUUCAGACACUCCCGCUGGGGACUGUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCUCUUCCUCCAAGCACGCCGCCG-----| UC UCCCCU A GUGACGC CC CACCACC GC AAUGUCCA \ GG GUGGUGG CG UUGCAGGU A AUGUCAGGGGUCGCCCUCACAGACUUUCA^ UA UCU--- G AUUGAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Mir-1306 is an usual miRNA as it is derived from the 5'-most coding-exon of the DGCR8 gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sto-Mir-1306_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCACCUCCCCUGCAAAUGUCCA -22
Get sequence
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Star sequence | Sto-Mir-1306_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GACGUUGGCUCUGGUGGUGAUG -61
Get sequence
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