MirGeneDB ID | Ocu-Mir-1306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1306 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1306 Ami-Mir-1306 Bta-Mir-1306 Cfa-Mir-1306 Cja-Mir-1306 Cli-Mir-1306 Cmi-Mir-1306 Cpi-Mir-1306 Cpo-Mir-1306 Dno-Mir-1306 Dre-Mir-1306 Eca-Mir-1306 Ete-Mir-1306 Gga-Mir-1306 Gja-Mir-1306 Gmo-Mir-1306 Hsa-Mir-1306 Laf-Mir-1306 Lch-Mir-1306 Loc-Mir-1306 Mal-Mir-1306 Mdo-Mir-1306 Mml-Mir-1306 Mmr-Mir-1306 Mmu-Mir-1306 Mun-Mir-1306 Neu-Mir-1306 Oan-Mir-1306 Pab-Mir-1306 Pbv-Mir-1306 Rno-Mir-1306 Sha-Mir-1306 Spt-Mir-1306 Sto-Mir-1306 Tgu-Mir-1306 Tni-Mir-1306 Xla-Mir-1306-P1a Xla-Mir-1306-P1b Xtr-Mir-1306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0128: 646580-646640 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1306) |
Mir-1306
chrUn0128: 646580-646640 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-185 chrUn0128: 681999-682054 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | CACCUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCCAGCGCUGCCCCGUGAACAGUCUCCACCACCUCCCCUGCAAACGUCCAGUGAUGCAGAGGUAAUGGACGUUGGCUCUGGUGGUGAUGGACAGUCCGAACCCCCUGCUGAGGACCCCUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUCCCAGCGCUGCCCCGUGAACA---- C-| UCCCCU A GUGAUGC GUCU CACCACC GC AACGUCCA \ CAGG GUGGUGG CG UUGCAGGU A UCCCCAGGAGUCGUCCCCCAAGCCUGA UA^ UCU--- G AAUGGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Mir-1306 is an unusual miRNA as it is derived from the 5'-most coding-exon of the DGCR8 gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ocu-Mir-1306_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCACCUCCCCUGCAAACGUCCA -22
Get sequence
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Star sequence | Ocu-Mir-1306_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GACGUUGGCUCUGGUGGUGAUG -61
Get sequence
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