| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-1306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1306 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1306 Ami-Mir-1306 Bta-Mir-1306 Cfa-Mir-1306 Cja-Mir-1306 Cli-Mir-1306 Cmi-Mir-1306 Cpi-Mir-1306 Cpo-Mir-1306 Dno-Mir-1306 Dre-Mir-1306 Eca-Mir-1306 Ete-Mir-1306 Gga-Mir-1306 Gja-Mir-1306 Hsa-Mir-1306 Laf-Mir-1306 Lch-Mir-1306 Loc-Mir-1306 Mal-Mir-1306 Mdo-Mir-1306 Mml-Mir-1306 Mmr-Mir-1306 Mmu-Mir-1306 Mun-Mir-1306 Neu-Mir-1306 Oan-Mir-1306 Ocu-Mir-1306 Pab-Mir-1306 Pbv-Mir-1306 Rno-Mir-1306 Sha-Mir-1306 Spt-Mir-1306 Sto-Mir-1306 Tgu-Mir-1306 Tni-Mir-1306 Xla-Mir-1306-P1a Xla-Mir-1306-P1b Xtr-Mir-1306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_2538: 813263-813323 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACCUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCCUCCCUGACGAGGAUAGAGCCCCUCCACCACCUCCCCUGCAAACGUCCAGUGACGCAGACGUAAUGGACGUUAGCUCUGGUGGUGAUGGAUACACACACACCCCAGCAGGGCCCGGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCCUCCCUGACGAGGAUAGAGCC-----| UC UCCCCU A GUGACGC CC CACCACC GC AACGUCCA \ GG GUGGUGG CG UUGCAGGU A GGGGCCCGGGACGACCCCACACACACAUA^ UA UCU--- A AAUGCAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Mir-1306 is an unusual miRNA as it is derived from the 5'-most coding-exon of the DGCR8 gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-1306_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCACCUCCCCUGCAAACGUCCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-1306_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GACGUUAGCUCUGGUGGUGAUG -61
Get sequence
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