| MirGeneDB ID | Cja-Mir-1306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1306 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1306 Ami-Mir-1306 Bta-Mir-1306 Cfa-Mir-1306 Cli-Mir-1306 Cmi-Mir-1306 Cpi-Mir-1306 Cpo-Mir-1306 Dno-Mir-1306 Dre-Mir-1306 Eca-Mir-1306 Ete-Mir-1306 Gga-Mir-1306 Gja-Mir-1306 Gmo-Mir-1306 Hsa-Mir-1306 Laf-Mir-1306 Lch-Mir-1306 Loc-Mir-1306 Mal-Mir-1306 Mdo-Mir-1306 Mml-Mir-1306 Mmr-Mir-1306 Mmu-Mir-1306 Mun-Mir-1306 Neu-Mir-1306 Oan-Mir-1306 Ocu-Mir-1306 Pab-Mir-1306 Pbv-Mir-1306 Rno-Mir-1306 Sha-Mir-1306 Spt-Mir-1306 Sto-Mir-1306 Tgu-Mir-1306 Tni-Mir-1306 Xla-Mir-1306-P1a Xla-Mir-1306-P1b Xtr-Mir-1306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021915.1: 209304919-209304979 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1306) |
Mir-185
CM021915.1: 209262120-209262175 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1306 CM021915.1: 209304919-209304979 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CACCUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCAAGCGCUGCCACGUGAGCAGUCUCCACCACCUCCCCUGCAAACGUCCAGUGGUGCAGAGGUAAUGGACGUUGGCUCUGGUGGUGAUGGACAGUCCGAACUCCCUGCCGAGGACCCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUCCAAGCGCUGCCACG---- AG A C-| UCCCCU A GUGGUGC UG C GUCU CACCACC GC AACGUCCA \ GC G CAGG GUGGUGG CG UUGCAGGU A UCCCCAGGAGCCGUCCCUCAA CU A UA^ UCU--- G AAUGGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Mir-1306 is an unusual miRNA as it is derived from the 5'-most coding-exon of the DGCR8 gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-1306_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCACCUCCCCUGCAAACGUCCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-1306_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GACGUUGGCUCUGGUGGUGAUG -61
Get sequence
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