MirGeneDB ID | Sto-Mir-26-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-26 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sto-Mir-26-P1 Sto-Mir-26-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-26-P2 Bta-Mir-26-P2 Cfa-Mir-26-P2 Cja-Mir-26-P2 Cli-Mir-26-P2 Cpi-Mir-26-P2 Cpo-Mir-26-P2 Dno-Mir-26-P2 Dre-Mir-26-P2a Eca-Mir-26-P2 Ete-Mir-26-P2 Gga-Mir-26-P2 Gja-Mir-26-P2 Gmo-Mir-26-P2a Gmo-Mir-26-P2b Hsa-Mir-26-P2 Laf-Mir-26-P2 Lch-Mir-26-P2 Loc-Mir-26-P2 Mal-Mir-26-P2a Mal-Mir-26-P2b Mdo-Mir-26-P2 Mml-Mir-26-P2 Mmr-Mir-26-P2 Mmu-Mir-26-P2 Mun-Mir-26-P2 Neu-Mir-26-P2 Oan-Mir-26-P2 Ocu-Mir-26-P2 Pab-Mir-26-P2 Pbv-Mir-26-P2 Pma-Mir-26-o2 Rno-Mir-26-P2 Sha-Mir-26-P2 Spt-Mir-26-P2 Tgu-Mir-26-P2 Tni-Mir-26-P2b Xla-Mir-26-P2e Xla-Mir-26-P2f Xtr-Mir-26-P2c Xtr-Mir-26-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01020652.1: 7259-7319 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCAAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCUGGAGCCGUGCUGAGGCUGUGACUUGAUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUGUUCAGUGAAACUCUGGCCUGUCCUUGACUACUUGGCUCUGGAGGCAGCCAUGCCCAUCGCCCUCGACCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGCUGGAGCCGUGCUGA--| GA U UU A C GUUCAGU GGCUGU CU GA CAAGUA UC AGGAUAGGCU \ CCGACG GG CU GUUCAU AG UCCUGUCCGG G CCAGCUCCCGCUACCCGUA^ GA U CG C U UCUCAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Sto-Mir-26-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Sto-Mir-26-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CCUGUCCUUGACUACUUGGCUC -61
Get sequence
|