MirGeneDB ID | Spu-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-242 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | spu-mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-242 Ava-Mir-242-P9 Ava-Mir-242-P10 Bfl-Mir-242 Bko-Mir-242 Bla-Mir-242-v1 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cte-Mir-242 Eba-Mir-242 Hru-Mir-242-P3a Hru-Mir-242-P3b Lan-Mir-242 Lgi-Mir-242-P1 Lgi-Mir-242-P2 Lhy-Mir-242 Mgi-Mir-242 Mom-Mir-242 Nag-Mir-242-P7 Nag-Mir-242-P8 Npo-Mir-242 Ofu-Mir-242 Pau-Mir-242 Pca-Mir-242 Pdu-Mir-242-P4a Pdu-Mir-242-P4b Pdu-Mir-242-P4c Pdu-Mir-242-P4d Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Pve-Mir-242-P5 Pve-Mir-242-P6 Rph-Mir-242 Sko-Mir-242 Snu-Mir-242 War-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Spur_5.0) |
AAGJ06000857.1: 1093867-1093927 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCUGAUAUAUGUAACACCAUGUCGGGCAUUGCGUAGGCGUUGUGCACAGUGUUCUUUAAAUUACAAUUGUGCAUCUCAUCCACGUAAAUCACGGCACUGGUCACUAAUCAUCGCUGGACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUGCUGAUAUAUGUAAC- -| GGCA A CGUU- GUUCUUU ACCA UGUCG UUGCGU GG GUGCACAGU \ UGGU ACGGC AAUGCA CC UACGUGUUA A CAGGUCGCUACUAAUCAC C^ ACUA - UACUC ACAUUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Spu-Mir-242_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGCGUAGGCGUUGUGCACAGU -22
Get sequence
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Star sequence | Spu-Mir-242_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGUGCAUCUCAUCCACGUAAAU -61
Get sequence
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