| MirGeneDB ID | Bla-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-242 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-242 Bfl-Mir-242 Bko-Mir-242 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cte-Mir-242 Eba-Mir-242 Lan-Mir-242 Lhy-Mir-242 Mgi-Mir-242 Mom-Mir-242 Npo-Mir-242 Ofu-Mir-242 Pau-Mir-242 Pca-Mir-242 Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Rph-Mir-242 Sko-Mir-242 Snu-Mir-242 Spu-Mir-242 War-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000023: 499951-500006 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-242-v1) |
Mir-242-v2
Sc0000023: 499950-500007 [-]
Ensembl
Mir-242-v1 Sc0000023: 499951-500006 [-] Ensembl |
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| Variant | Bla-Mir-242-v1 |
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| Seed | GCGUAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGAUUCAGCCAUGAUAGCCGUCCAAGUGUUGCGUAGGCGUUGUGCACACUGUCUGACACAACCGUGUGUACCUCUCCUGCGGCACAUCUGGACGGCAUGUGCGCACAGCCAGCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGAUUCAGCCAUGAUA--| AG U - CGUU U CUG GCCGUCCA UGU GC GUAGG GUGCACAC GU A CGGCAGGU ACA CG CGUCC CAUGUGUG CA C GACGACCGACACGCGUGUA^ CU - G UCUC C ACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-242-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCGUAGGCGUUGUGCACACUGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-242-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- CGUGUGUACCUCUCCUGCGGCAC -56
Get sequence
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| Variant | Bla-Mir-242-v2 |
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| Seed | UGCGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGGAUUCAGCCAUGAUAGCCGUCCAAGUGUUGCGUAGGCGUUGUGCACACUGUCUGACACAACCGUGUGUACCUCUCCUGCGGCACAUCUGGACGGCAUGUGCGCACAGCCAGCAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGGAUUCAGCCAUGAUA--| AG U - CGUU UGUCUG GCCGUCCA UGU GC GUAGG GUGCACAC A CGGCAGGU ACA CG CGUCC CAUGUGUG C AGACGACCGACACGCGUGUA^ CU - G UCUC CCAACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-242-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGCGUAGGCGUUGUGCACACU -22
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-242-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGUGUACCUCUCCUGCGGCACA -58
Get sequence
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