MirGeneDB ID | Bfl-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-242 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCGUAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-242-v1 Bla-Mir-242-v2 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cgi-Mir-242 Cte-Mir-242 Lan-Mir-242 Lgi-Mir-242-P1 Lgi-Mir-242-P2 Npo-Mir-242 Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Sko-Mir-242 Spu-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049983.1: 386229-386284 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGAGAUAUCCAUGAUGGCCGUCCAAGCGUUGCGUAGGCGUUGUGCACACUGUCUGGUAUAACCGUGUGUACCUCUCCUGCGUCACAUUUGGACGGCAUGUGCGCACAGCCCUCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUGAGAUAUCCAUGAUG--| C U CGUU U CUG GCCGUCCAAG GU GCGUAGG GUGCACAC GU G CGGCAGGUUU CA UGCGUCC CAUGUGUG CA U GGCUCCCGACACGCGUGUA^ A C UCUC C AUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bfl-Mir-242_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCGUAGGCGUUGUGCACACUGU -23
Get sequence
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Star sequence | Bfl-Mir-242_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- CGUGUGUACCUCUCCUGCGUCAC -56
Get sequence
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