MirGeneDB ID | Pma-Mir-10-P3o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCCUGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-10-P1o1 Pma-Mir-10-P1o2 Pma-Mir-10-P2o1 Pma-Mir-10-P2o2 Pma-Mir-10-P3o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P3 Asu-Mir-10-P3 Bfl-Mir-10-P3 Bge-Mir-10-P3 Bla-Mir-10-P3 Bpl-Mir-10-P3 Cgi-Mir-10-P3 Cin-Mir-10-P3 Cte-Mir-10-P3 Dan-Mir-10-P3 Dma-Mir-10-P3 Dme-Mir-10-P3 Dmo-Mir-10-P3 Dpu-Mir-10-P3 Dsi-Mir-10-P3 Dya-Mir-10-P3 Esc-Mir-10-P3 Isc-Mir-10-P3 Lan-Mir-10-P3 Lgi-Mir-10-P3 Lpo-Mir-10-P3o Nve-Mir-10 Obi-Mir-10-P3 Ovu-Mir-10-P3 Pmi-Mir-10-P3 Sko-Mir-10-P3 Spu-Mir-10-P3 Tca-Mir-10-P3 Xbo-Mir-10-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046100.1: 8251849-8251907 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P3o1) |
Mir-10-P2o1
NC_046100.1: 8228227-8228284 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P1o1 NC_046100.1: 8235683-8235748 [+] UCSC Ensembl Mir-10-P3o1 NC_046100.1: 8251849-8251907 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGCACGGAGCGAUCGAGCCUUUUGCGCGAUCCCUGAGACCCUAACUUGUGAGUUGGUUGCCCUGUCACUGGUUAGGCUCUUGGGAACCGUGCAGAAUGGCAAAUCUGAGAUCGAAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGGCACGGAGCGAUCGA- - A-| U C U GUUGGU GCC UUUUGCGCG UCCC GAGA CCUAACU GUGA \ CGG AAGACGUGC AGGG UUCU GGAUUGG CACU U AGGAAGCUAGAGUCUAAA U CA^ - C U GUCCCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pma-Mir-10-P3o1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCCUGAGACCCUAACUUGUGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pma-Mir-10-P3o1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019447 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- ACUGGUUAGGCUCUUGGGAACC -59
Get sequence
|