| MirGeneDB ID | Pcr-Mir-1175-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1175 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tiger flatworm (Prostheceraeus crozieri ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pcr-Mir-1175-P12-v1 Pcr-Mir-1175-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1175 Agr-Mir-1175 Asu-Mir-1175 Bge-Mir-1175 Bko-Mir-1175 Bpl-Mir-1175 Cte-Mir-1175 Dan-Mir-1175 Dgr-Mir-1175 Dlo-Mir-1175 Dma-Mir-1175 Dme-Mir-1175 Dmo-Mir-1175 Dpu-Mir-1175 Dsi-Mir-1175 Eba-Mir-1175 Gpa-Mir-1175 Gsa-Mir-1175 Gsp-Mir-1175 Hme-Mir-1175 Hru-Mir-1175 Isc-Mir-1175 Lan-Mir-1175 Lgi-Mir-1175 Llo-Mir-1175 Mgi-Mir-1175 Mom-Mir-1175 Npo-Mir-1175 Obi-Mir-1175 Ofu-Mir-1175 Ovu-Mir-1175 Pau-Mir-1175 Pca-Mir-1175 Pdu-Mir-1175 Pve-Mir-1175 Rph-Mir-1175 Sma-Mir-1175 Sne-Mir-1175 Snu-Mir-1175 Tca-Mir-1175 War-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. crozeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_907163375.1_PROCRO_GENOME_genomic) |
CAJQUW010009982.1: 245671-245730 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1175-P12-v2) |
Mir-1175-P12-v1
CAJQUW010009982.1: 245669-245733 [+]
Ensembl
Mir-1175-P12-v2 CAJQUW010009982.1: 245671-245730 [+] Ensembl |
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| Variant | Pcr-Mir-1175-P12-v2 |
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| Seed | GGAGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUGUGGUCAGACCCGGCCUCGAAAGGCAGUGGAGAGAAAUGUAUCUCGUUCCAUUAAACAUUCUGGGAAUGAGAUUCAUCUCCUCCAACUACCGUCUGAGGAUUAAUCAACUUUCUAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAUGUGGUCAGACCCGG- AAA C -| A A U AUUAAA CCUCG GG AG UGGAG GA AUG AUCUCGUUCC \ GGAGU CC UC ACCUC CU UAC UAGAGUAAGG C GUAUCUUUCAACUAAUUA CUG A A^ - C U GUCUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pcr-Mir-1175-P12-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAGAGAAAUGUAUCUCGUUCC -23
Get sequence
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| Star sequence | Pcr-Mir-1175-P12-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUGAGAUUCAUCUCCUCCAAC -60
Get sequence
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| Variant | Pcr-Mir-1175-P12-v1 |
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| Seed | GAGAUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCAUGUGGUCAGACCCGGCCUCGAAAGGCAGUGGAGAGAAAUGUAUCUCGUUCCAUUAAACAUUCUGGGAAUGAGAUUCAUCUCCUCCAACUACCGUCUGAGGAUUAAUCAACUUUCUAUGGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCAUGUGGUCAGACCCGG-- AAA C -| A A U CCAUUAAA CCUCG GG AG UGGAG GA AUG AUCUCGUU \ GGAGU CC UC ACCUC CU UAC UAGAGUAA C AUGGUAUCUUUCAACUAAUUA CUG A A^ - C U GGGUCUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pcr-Mir-1175-P12-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGAGAGAAAUGUAUCUCGUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pcr-Mir-1175-P12-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UGAGAUUCAUCUCCUCCAACUAC -65
Get sequence
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