MirGeneDB ID | Ocu-Mir-8-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-8-P1a Ocu-Mir-8-P1b Ocu-Mir-8-P2a Ocu-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P2 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P2b Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P2b Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P2 Cpo-Mir-8-P2b Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P2b Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P2b Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P2b Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P2b Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lgi-Mir-8 Mdo-Mir-8-P2b Mml-Mir-8-P2b Mmu-Mir-8-P2b Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P2b Obi-Mir-8 Ovu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P2b Sha-Mir-8-P2b Sko-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chr8: 32967353-32967417 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P2b) |
Mir-8-P1b
chr8: 32966987-32967049 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2b chr8: 32967353-32967417 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUGUUCCCACAACUGGCCGGCUCUGGGCCCAUCUUCCAGCACAGUGUUGGAUGGUCUACUUGUGAAGCUCCUAACACUGUCUGGUAAAGAUGGCCCCCGGGUCGGCUUCCUCGGCAGUGACCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUGUUCCCACAACUGG-- U C --| C AUGGUCUAC CCGGCUC GGG CCAUCUU CCAG ACAGUGUUGG U GGCUGGG CCC GGUAGAA GGUC UGUCACAAUC U UUCCAGUGACGGCUCCUUC C C AU^ - CUCGAAGUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-8-P2b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUCCAGCACAGUGUUGGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-8-P2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048244 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UAACACUGUCUGGUAAAGAUGGC -65
Get sequence
|