MirGeneDB ID | Mdo-Mir-8-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-mir-141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mdo-Mir-8-P1a Mdo-Mir-8-P1b Mdo-Mir-8-P2a Mdo-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P2 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P2b Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P2b Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P2 Cpo-Mir-8-P2b Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P2b Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P2b Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P2b Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P2b Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lgi-Mir-8 Mml-Mir-8-P2b Mmu-Mir-8-P2b Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P2b Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P2b Ovu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P2b Sha-Mir-8-P2b Sko-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
8: 108475865-108475921 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P2b) |
Mir-8-P1b
8: 108475452-108475514 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2b 8: 108475865-108475921 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGAUGUGCCCAGCUGGCCAGCUCUGGGGCCAUCUUCCAGUACAGUGGUGGAUGGUGAAGCUUCUAACACUGUCUGGUAAAGAUGCCCUCCGGGUUGGUUCUCCCUUCGACGACUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGGAUGUGCCCAGCUGG-- U C --| U G UGGU CCAGCUC GGGG CAUCUU CCAG ACAGUG UGGA G GGUUGGG CUCC GUAGAA GGUC UGUCAC AUCU A UUUCAGCAGCUUCCCUCUU C C AU^ - A UCGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mdo-Mir-8-P2b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0026695 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUCCAGUACAGUGGUGGA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-141-5p |
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Mature sequence | Mdo-Mir-8-P2b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0004151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UAACACUGUCUGGUAAAGAUGCC -57
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-141-3p |